中国扶贫基金会重视机构的财务管理并建立规范的财务管理制度是从1999年何道峰就任秘书长后开始的。何道峰认为，一个NGO或NPO机构的发展不能讲空话和大话，要凭业绩说话，而业绩要由各项数据指标来衡量，其中最重要的就是财务数据指标。离开数据说机构的发展是没有说服力的。由此，他就任秘书长后所做的第一件事，就是带领机构全体员工，查找和整理机构的数据，尤其是1995～1999年的财务数据，以便摸清家底，确立机构现在在哪里，未来要向哪里去，才会有方法、路径和努力的目标。何道峰领导的此项工作取得了重要的成果，使机构首次理清了自己的财务数据并进行了初步的统计分析，初步明了了机构的发展实况，为机构进行财务管理迈出了第一步。这次机构财务数据的清理，也为中国扶贫基金会第一次全面向社会公布机构财务数据的《中国扶贫基金会1999年年度报告》的产生奠定了基础。从1999年年报开始，中国扶贫基金会建立了每年在年报中发布机构财务数据的规范。从2000年开始，中国扶贫基金会的事业发展逐步起步，反映在财务上，就是机构的收入总额从1999年的3927万元增长到2002年的6897万元，三年时间增长幅度达到75.6%；与此同时，反映机构扶贫事业发展的支出总额也呈现逐年提高趋势，扶贫项目支出总额从1999年的1152万元增长到2002年的4351万元，三年间增长幅度达到278%。同时，机构的扶贫项目覆盖的范围和人口规模也在大幅扩大，扶贫项目涉及的地区从1999年的13个省份25个县，增长到2002年的20余省份的100余个县（区）；扶贫项目的直接受益贫困人口，从1997～1999年的年平均26.8万人，增长到2000～2002年的年平均31.8万人。虽然在三年时间里，机构的收入总额有了较大的提高，但在收入总额的结构中，仍存在物资捐赠收入比重过大的问题。