目前，长三角区域一体化进程呈现深层次、多领域的格局，合作体制机制也向着制度化、规范化和法治化全面发展。在《长江三角洲地区区域规划》的指导下，长三角区域发展也面临着第三次转型，而合作体制机制创新非常重要。本文首先论述了“十三五”期间长三角区域合作体制机制创新的重大意义，其次介绍长三角合作体制机制的历史沿革，接着说明长三角区域合作体制机制的特点，然后详细分析了长三角区域合作体制机制存在的主要问题，最后为创新长三角区域合作的体制机制提出了对策建议。