珠江—西江经济带作为横跨东西部，以流域经济合作为主题的区域合作，跨越两省（区），直接挑战多个行政区划的经济利益，其中还包括流域沿线地区之间生态补偿、产业转移和城镇化建设等问题。经济带一体化需破解制度障碍和体制壁垒，统筹解决经济带协同发展的重点和难点问题，构建覆盖全经济带的创新机制和粤桂合作的系统格局，融入“一带一路”国家战略，协调各城市之间的职能分工等。