在当前中国，从“碎片化”到“跨部门协作”转化是政府部门间运行机制调整的应然方向，但这个转化过程并非自然推进的。政府部门间运行机制还取决于两个层次的逻辑导向的作用。一是政府职能的基本定位；二是政治生态的总体平衡与稳定。此两者从逻辑层面上决定了政府部门间机制变迁的总体方向、基本方式与实际效果，构成明显的导向作用。只有这两个层次的逻辑导向协调发挥作用，政府部门间的运行机制才能突破“碎片化”，实现“跨部门协作”，从而有效地推进政府工作的全面开展。