在行政体制改革的拉动下，政府部门间关系的调整经历了由“外延式改革”向“内涵式改革”的推进，“碎片化”所带来的改革问题逐渐浮现，“跨部门协作”的需要则渐渐成为行政体制改革的焦点。“大部门体制”改革更是直接聚焦“跨部门协作”问题。但从“大部门体制”改革的现实情况来看，改革效果与“跨部门协作”的预期还有很大的差距。“职能交叉”与“政出多门”等政府顽疾依然普遍存在。在这个背景下，为了有效地推进“跨部门协作”，有必要对“政府部门间关系”调整过程的问题与教训进行总结。