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大约15世纪的时候，资本主义生产方式的迅速发展刺激了当时欧洲一些国家竭力寻求海外贸易市场以扩大财源和势力范围。明孝宗弘治十年即公元1497年，葡萄牙人瓦斯科·德·迦玛（今译达伽马）发现非洲东南海岸之那塔尔。翌年，达伽马率领4艘船绕过非洲好望角，经印度洋抵达印度西南海岸之卡利卡特（加利库特），从而打开了欧洲直航远东的通道，真正实现了哥伦布当年追求的目标。1511年，葡萄牙人占领马六甲。3年后，他们的商船第一次抵达广东海岸。
葡萄牙人的东来不是中国人和西方的第一次接触，早在汉、唐、宋、元甚至更早的时候，中国人已和西方世界有过直接的往来和交流。只是由于双方政治格局的变动，这种交流已经中断了相当长的岁月。在这些中断了解的年代里，双方都有了明显的变化，因而葡萄牙人的这次东来，在中西文化交流史上具有极端重要的象征意义。此后几百年的中国历史演变，似乎都可以从这次接触中寻找到它的最初起因。
40年后即1554年，葡萄牙人以贸易为名进入广东浪白澳。此后不久，他们又通过行贿的手段获得在澳门建房的居住权，开始和中国和平通商。毋庸讳言，这些西方人的主观目的并不仅局限在通商方面，而是为了在中国和远东掠夺财富，开辟新的殖民地。
踏着早期殖民者的足迹，西方传教士亦蜂拥而至。最先来到中国的是耶稣会传教士。耶稣会是欧洲宗教改革兴起之后在天主教内部出现的一个反宗教改革的重要派别，他们为了弥补因宗教改革而兴起的卡尔文新教所造成的损失，竭力主张借助新航路的开辟向远东扩展势力，创建新的更大范围的宗教社区。
耶稣会传教士带着《圣经》和十字架在航队和大炮的护送下开赴远东，开始了他们向地球东半部传播“福音”的艰难使命。1541年4月7日，耶稣会创办人之一圣方济各·沙勿略从里斯本启程，1549年8月抵达日本。在那里，沙勿略遇到了他前所不知的中国人，给他的传教事业带来了新的启示。他不仅注意到每当与日本人辩论时，日本人总是乞求于中国人的智慧，即使在涉及宗教以及行政方面的问题时也莫不如此；而且他发现中国人具有接受“福音真理”的“特殊资质”，相信在中国人中间传播福音一定会比在日本人中间更容易些。这一意外的“发现”更加促成了沙勿略向中国传教的决心，“为了达到目的，沙勿略不惜借助葡萄牙人政治上乃至军事上的支持。”
沙勿略没有真正进入中国，但他的努力与热情激励他的同道终于撞开了中国的大门。1557年葡萄牙人抢占澳门后，耶稣会便以澳门为据点，竭尽全力向中国内地渗透。1562年，皮莱士和戴西拉在澳门定居，卡纳罗出任澳门第一任主教，并选派熟悉中国语言文化的范礼安、罗明坚、巴范济和利玛窦4名意大利耶稣会士到澳门，寻找机会进入中国内地。范礼安、巴范济先后在澳门死去。罗明坚于1582年得到广东地区行政负责人陈文峰的批准，第一个进入中国内地，在肇庆天宁寺居住并正式传教，此寺“可称之为中国内地第一所耶稣会会院”。
和罗明坚同行到达肇庆的利玛窦，从一开始就有意识地与中国地方各级官员和文人学士交往，宣传欧洲文物和典章制度，并在叙述各国不同的宗教仪式时，适时加上中国人当时还不知道的有关基督教圣迹的叙述，他希望在短时间内以这种附有感情的方式把基督教的名声传遍中国。由于利玛窦受过良好的教育，具有极高的科学素养，使他在解释中国人尚不知道的那些东西时，轻而易举地震慑了中国人。特别是他关于欧洲和中国之间隔着无数海陆地带的解释，有效地减轻了中国人对欧洲人的恐惧，使中国人相信他们与欧洲的交往除了文化的交流与互补外，并不会造成类似于倭寇的灾难。在这之后，利玛窦又用铜和铁制造天球仪和地球仪，不仅开阔了中国人的眼界，而且使中国的官员和文人很容易地相信利玛窦是一个善良的人和有学问的人。“当时都中缙绅，交许可其说，投刺交欢，倒屣推重，倾一时名流”。
利玛窦在肇庆的成功，尚属个别现象。大多数耶稣会传教士只限于在东南沿海一带活动，而且，他们既然是为了传播基督福音，就必然受到儒家思想传统影响下的中国人的顽强抵抗，以至有些传教士不得不哀叹道，倘若没有军舰和大炮的帮助，他们对中国人便一个也不能教化——两种文明的冲突从一开始就直截了当地展现在人们面前——然而，他们并没有这样做。他们也清楚地知道，在中国这样历史悠久文明高度发达的国度里传教，如果一味仰恃武力，那么不论多么强大的战舰，多么声势浩大的军队都难以真正奏效。要想在中国立足和传播福音，他们就只能像佛教徒们曾经做过的那样，借助于中国固有的智慧资源和文化形式，从中国实际情况出发，在政治上维护中国君主的统治，在生活习惯上灵活地适应中国的风土人情，坚持和平的传教路线，以显得高雅的文化和文明水准赢得中国士大夫的信任，以此减轻中国固有文明对基督教文明的敌对意识。
在这种和平传教路线的指导下，耶稣会传教士第一次较系统完整地向中国人介绍了西方科学文化，客观上促进了西学东渐和东西方文化的相互了解和交流。不必否认，他们介绍的西学具有极强的宗教意识和时代局限，在相当程度上是把一切知识作为神学的“婢女”传入中国。也就是说，他们自觉或不自觉地向中国人介绍的那些科学知识，在根本出发点上“盖欲借推测之有验以证天主堂之不诬，用意极为诡谲”。他们极少介绍欧洲文艺复兴以来以人文主义和实验科学为主要内容和特点的西方新学，而侧重于介绍以神学为主体的所谓“六科经籍”。
当时的西方自然科学正在突破中世纪的神学樊笼走上近代的道路，已经获得或正在获得一系列具有划时代意义的光辉成就，如哥白尼的太阳中心说、刻卜勒的行星运行三大定律、伽利略和牛顿的经典力学、笛卡尔的解析几何和演绎法、牛顿和莱布尼兹的微积分学、波义耳的新元素说以及塞尔维特和哈维的血液循环理论，等等。然而，对于这些进步的学说和划时代的成就，明末清初的来华传教士或只字不提讳莫如深，或尽管有少量的介绍，不仅支离破碎语焉不详，而且时间相当迟。致使后来的一些中国人通过其他途径了解到这些内容之后，不禁愈加怀疑明末清初来华传教士的动机和目的。不过，从利玛窦们的立场出发，这些传教士身为教会中人，以上所述之新学说在当时的西方不仅尚未定论，而且几乎一律被罗马教廷判为“异端邪说”，这些服膺教廷的传教士们当然不会向中国人传播这些“异端邪说”，而只会传播那些他们认为是“经典”的稳定而几近保守的文化。
有鉴于此，后人似不应苛求明末清初那些来华的传教士们，他们能将托勒密的地心说、欧几里得的几何学、阿基米德的静力学、亚里士多德的四元素说和逻辑学以及盖伦的人体解剖学等西方古典学说介绍到中国来，使中国人第一次了解到这些世界文明的积淀，仍有其积极的意义。而且从主观意图而言，那时来华的耶稣会教士如利玛窦、艾儒略、汤若望等人，还是试图站在欧洲学识的高峰上，向东方介绍西方学术的最高水平，他们曾常让其家乡人把欧洲科学上一切重要的新事物，向身在中国的他们邮寄，以介绍给中国人。由此出现了这样的现象：“在北京，神父们在纠正中国人在天文方面的错误，而在罗马，教廷圣职部直至1882年还坚持对哥白尼学说的判决。”平心而论，当时的传教士为了赢得中国知识分子的信任，大多关心欧洲自然科学的新进展，并在尽量不违背基督教教义和教会规定的情况下，适时介绍过不少欧洲先进的科学技术知识和成就。
明末清初来华的传教士们，一方面将西方先进的科学技术输入中国，另一方面也对中国固有文明抱有很大的尊敬，希望能从与中国正常的文化交流中获益，以使欧洲文明获得更大的进步。这种文化心态自明末中西文化交流之始即已存在，沙勿略虽然未能进入中国，但他对中国古典智慧表示了相当浓厚的兴趣。利玛窦是第一个真正直接掌握中国语言文字，并对中国古典文明进行过深入钻研的西方学者，他对孔子哲学极为敬佩，并把孔子及四书五经热情地介绍给西方人。利玛窦曾经指出，如果西方人批判地研究孔子那些被载入史册的言行，就不得不承认孔子可以与世界上其他任何异教哲学家相媲美，甚至还要超过他们中的大多数人。对于中国的科学技术和医学，利玛窦虽然敏锐地发现其某些不足和缺憾，但从总体上依然表示极为钦佩，以为中国人不仅在道德哲学上，而且在天文学和许多数学分支学科上也取得了相当大的进步。他认为，中国人曾一度很精通数学和几何学，中国的天文学虽然与西方的天文学有所不同，但中国天文学家也丝毫不费力气地将天文现象归结为数学计算，得出与欧洲人几乎完全相同的结论。
利玛窦的态度在一定程度上代表了当时欧洲普遍的社会文化心态。在16、17世纪前后，中国文明的发展与其以往的历史相比，虽然有某些不足，如科学技术发展的停滞，但与同时期的欧洲文明相比，包括科学技术在内，中国文明并不落后，在相当多的领域毫不逊色，依然处于先进行列。欧洲人看到了这一点，并力图吸收中国文明，改造西方固有文化。在那之后的两三个世纪里，欧洲思想界、政治界的重要人物无不对中国文明抱有浓厚的兴趣。在他们的心目中，遥远而神秘的中国有最理想、最完美的贤明政治，道德高尚，文化发达，在许多方面足以做欧洲人的楷模。仅以法国为例，“当那个时代，中国在欧洲的名望，与现今大不相同。试引几个名家的议论，就可以推想当日中国的地位。福尔特尔（今译伏尔泰）说：欧洲的贵族同商人，凡遇东方有所发现，就只晓得求富，而哲学家倒是在那边寻得一个道德的新世界。克士内说：中国道德教训的方法，合该做各国的模范（见《中国的政治》）。坡夫雷说道：若是中国的法律变为各民族的法律，地球上就成为光华灿烂的世界了。你们试到北京，瞻望人间最有权势的人（皇帝！），他就是天的美满的真象（见《一个哲学家的旅行》）。百科学者狄德罗亦赞道：中国民族极能同心合力，在年代、精神、美术、学问、政治、哲学各方面，不仅压倒其他的亚洲民族，并且可以同欧洲的文明国争竞（见《百科全书》）”。凡此种种，足以说明早期来华传教士对中国文明的发现与赞美。
正是在这种心态的指导下，利玛窦、龙华民和其他传教士自1590年起就向欧洲寄回了许多关于中国的兴奋热烈的信件和年报。当时的中国在西方人的心目中既是基督教的一个有待开辟的信仰区域，更是欧洲人感到陌生的新发现的文明大陆。欧洲人特别是传教士大量翻译和介绍了中国古典文献，并在此基础上出版了一些关于中国文明的研究著作，逐渐形成了早期的“中国学”。中国的文明与科学对此后的欧洲发展确实做出过重大的贡献。18世纪正当欧洲的启蒙运动蓬勃发展的时候，启蒙思想家倡导理性主义，把一切现象都归因于自然而不归因于奇迹，崇尚人类认识自然规律和充分肯定理性法则的合理性，提倡智慧与教育，所有这些无不与欧洲中世纪社会官方意识形态——基督教神学鲜明对立。殊不知，这种启蒙思潮的主要来源除了西方古典智慧资源，就是耶稣会传教士介绍给西方的中国文明。
传入西方的中国文明不仅促进了欧洲启蒙运动的兴起和发展，而且在一定程度上对近代欧洲文明的诞生也起到了催化作用。莱布尼兹的思辨哲学，伏尔泰的自然神教观，魁奈及杜尔哥的重农学说，无不与中国古典文明有着或多或少的血缘关系。莱布尼兹在《中国近事》的序言中曾直言不讳地指出，正是中国的文明促进了欧洲的觉醒，他甚至建议欧洲应该请中国人前来指导关于自然神学的目的和实践。他写道：“我们双方各自都具备通过相互交流使对方受益的技能……在实践哲学方面，即在生活与人类实际方面的伦理以及治国学说方面，我们实在是相形见绌了。承认这一点几乎令我感到惭愧……无疑中华帝国已经超出他们自身的价值而具有巨大的意义，他们享有东方最聪明的民族这一盛誉，其影响之大也由此可见。”至于莱布尼兹的科学成就，如二进制、单子论等，是否或直接或间接得益于中国文明的启迪，虽还存在某些争议，但也是中西文化交流史上流传甚广的一段佳话。
欧洲人看重中国文化并把它们大量介绍给西方，当然并不意味着中国文化绝对优越于西方文化。事实上，明末清初的来华传教士和欧洲思想文化界的学者们，在惊叹中国文化成就的同时，也清楚地看到中国固有文明的内在缺陷。因此，他们更致力于向中国介绍欧洲文明，以期中西文化真正交融。从利玛窦开始，早期传教士普遍认为，中国文明的精华无疑在于早期儒学，孔子所开创的道德哲学特别是孔子的那些道德箴言，是无与伦比的，在一定意义上可以弥补欧洲文化的不足。但是他们也指出，一方面，儒家早期道德哲学主要着眼于个人、家庭以及整个国家的道德行为，期望人类在理性的光芒下对正当的道德活动加以指导，然而这种道德哲学缺少逻辑规则的概念，因而在处理伦理学的某些教诫时毫不考虑这一课题各个分支相互之间的内在联系，结果伦理学这门科学只是中国人在理性之光的指引下所达成的一系列混乱的格言和推论，非但没有把事情弄明白，反而越说越糊涂。
另一方面，早期传教士多次强调，就人类认识发展的一般规律来说，早期儒学的基本精神与基督教文明并无二致，它们不仅面对的问题具有相当的一致性，而且其解决的方案也具有明显的相似性。儒家经典中的“天”与基督教中的“上帝”具有同一的内涵和外延，都是人格化的自然，或自然的人格化，它们是唯一的至高无上的创造者与主宰者。因此，早期传教士从一开始来到中国，就儒冠儒服，以此证明基督教与中国儒学并无本质的差别。但是，传教士也明确指出，基督教文明与中国儒学的一致性仅在早期儒学，并不包括汉代以后儒学的发展和“异端”思想。他们认为，先儒才是“真儒”，后儒则是“伪儒”“俗儒”或“拘儒”。后儒“不察正理，专于虚句，而曲论古学之真意”（卫方济语），虽与佛老有所不同，实则殊途而同归，它不仅是基督教文明的敌对力量，而且在本质上对儒学的发展只有破坏作用而无建设之功。
基于对先儒、后儒的区别，早期传教士一般主张，中国文化的未来发展应该是批判后儒而返于先儒，进而再通过对先儒精义的阐释，最终达到“超儒”，重建中国文明的新体系。为此，传教士对汉以后的儒学进行了严厉的批判，认为汉以后的儒学，特别是宋明时期的理学，沉溺于佛道的“邪说”，以形而上学的手法，将反映皇权和宗统意识的“天地”“太极”取代“天”或“上帝”，不仅和基督教“创世纪”的观点相矛盾，也与先儒的观点相冲突，势必混淆自然界与超自然界之间的区别。
早期传教士在排斥后儒的同时，对先儒的理论也做了相当的修正。他们认为，早期儒学的观点虽然正确，但毕竟只涉及有形世界，而缺少超乎有形世界的更高级的学说。早期儒学如果能和基督教义相结合，或者说有选择地吸收基督教的“天学”观念，儒学的复兴才有现实的可能，才能真正达到至善至美的境地。
确实，早期儒学注重现实生活，不语“怪力乱神”，对超乎有形世界的东西持存疑态度。这种入世的理念固然有其莫大的长处和科学性，但是，人毕竟是一种有感情的高级动物，除了现实的生活外，不可避免地还需要一种更高层次的精神生活，若非如此，人的生活毕竟会有一种缺憾，至少是不完善的人生。早期传教士鉴于此，竭力将基督教对人类心灵安慰的功能移植到中国，并期望与早期儒学结合，推动他们教务的开展，此即所谓合儒、益儒、补儒和超儒。
传教士的这些努力在一定程度上取得了预想的效果，他们不仅在不太长的时间里“归化”了许多中国普通老百姓，而且受到了不少知识分子的欢迎。据估计，自利玛窦1583年在肇庆收受第一个信徒，到他1610年去世时止，仅经利玛窦亲自施洗的信徒就约有2500人。全国的信徒更不计其数。受洗入教的著名知识分子有徐光启、李之藻、杨廷筠、李天经、冯应京、王徵等。
这些知识分子之所以接受基督教信仰，不可否认具有宗教上的原因，同时更应该从当时社会文化的背景方面来说明。就社会背景而言，当时的明王朝虽然国势衰弱，且有天崩地解之虞，但毕竟暂时还没有现实的新生力量可以威胁其统治，正是这种老大帝国的思想传统和文化心理使明政府对外来异教能够采取一种宽大为怀的容忍态度，并不因为士大夫阶层有人信仰异教而恐惧。
就文化背景而言，早期传教士对先儒、后儒的区别，特别是对宋明理学的抨击正符合当时的学术潮流，因而极容易在知识分子阶层引起共鸣。正如传教士所指出的，儒家学术发展到宋明，几经变迁，已和原始儒学有较大的差异，儒学实际上处在新的转型期的前夜。此时儒学的前途有多种可能，之一就是否定陆王心学，向程朱理学复归，这是当时或稍后一些知识分子曾努力做过的。到康熙时期，知识界大体完成了由朱代王的学术更新运动。朱熹的牌位流传甚广从孔庙两庑提升为大成殿十哲之次，朱子的学说也被钦定为“集大成而继千百年绝传之学，开愚蒙而立亿万世之规”。
由朱代王或许有助于解救王学的危机，然而实在说来朱学远非一种尽善尽美万世无弊的思想学说，其所强调的内圣外王毕竟过于“说玄说妙”“好高骛远”，于社会实际生活意义不大。因此，在明末清初思想界也有另一股学术思潮在萌动，那就是对陆王心学进行改造，使之适应现实需要，而徐光启等陆王的信徒便选择了这种可能。由于陆王心学强调“六经注我”“万物皆备于我”的主体意识，因而较容易借助于某种外来因素重新自我塑造。恰当此时，耶稣会传教士给中国知识分子带来一个全新的世界，这就难怪那些王学信徒如李贽、徐光启等人趋之若鹜了。
就文化心态来看，中国知识分子向来一事不知便以为耻，他们面对传教士带来的全新世界，在惊叹之余便是努力地了解它、掌握它，从而最终超过它。这和传教士提出的合儒、补儒、超儒等观念一样，都是一种正常的文化交流心态。
文献表明，徐光启等知识分子对基督教的信仰是真诚而坚定的，他们是在认真研究了基督教教义之后而改宗的。他们相信，基督教的观念有我中华昔贤所未及道者——“而其要归于使人安稊米之浮生，惜驹隙之光阴；想玄功于亭毒，勤昭事于顾諟，而相与偕之乎大道。天壤之间，此人此图，讵可无补乎哉？”——正可弥补中国传统文化之不足，他们所向往的是那种浓厚的宗教氛围和圣洁的仪式，认为这种宗教式的安慰正是对儒家只重视现实功利思想的有益补充。
