藏传佛教在西藏扎根发展的过程，也是藏传佛教的寺院组织制度产生、发展与日臻完备的过程。佛教的创始人释迦牟尼创建佛教时建立了相应的僧侣组织制度。它以几个人为一组出家、修行和学习为基本特征。据《大唐西域记》记载，公元7世纪，印度及周边的国家已有大批规模不等的寺院，这些寺院人数多则几千人、少则几十人，寺院中修建佛殿以供奉佛像、佛经、法器及僧人的学习用具，还建有僧人居住的僧舍。僧人在寺中严守基本的教规，努力学习佛法，成为世人的楷模。由此推断，藏传佛教的寺院组织制度是直接从古印度地区移植过来的。但是，藏传佛教的相关历史及藏文典籍反映出：藏传佛教的形成经历了寺院从有法有佛（主要指佛像），但无佛僧、佛殿，到寺院有法有佛有佛殿，但无正式的寺院及本民族的出家僧人，再到出现正规的寺院、正式的出家人，最后出现大批的寺院，寺院组织制度进一步发展完备的过程。此过程是佛教的教义、教规及寺院组织制度适应当时西藏社会的过程。根据藏族史书记载，佛教在西藏传承的开端是在公元4世纪前期，当时有印度僧人将一些佛经、佛塔、法器等带入吐蕃，献给赞普。由于无人能看懂佛经，又因苯教势力的反对，只能将佛经等供奉在赞普的宫殿中，称“念布桑哇”。公元7世纪，吐蕃赞普松赞干布及其父亲历经多年的征战，统一了青藏高原的许多部落，建立了统一的吐蕃王朝。松赞干布通过采取和亲政策分别从尼泊尔和唐朝迎请赤尊公主和文成公主作为他的王妃。两位公主分别带来了佛像、佛经、法器等，各自在西藏建造了大昭寺和小昭寺。但当时的西藏没有正规的出家僧人，即使有僧人也是从事翻译佛经的尼泊尔或汉地的僧人，所以大、小昭寺也不是正规的寺院。在西藏历史上出现正规的佛教寺院及正式的藏族僧人是在8世纪后期的赤松德赞时期。赤松德赞在远离西藏政治中心的桑耶地方修建西藏历史上第一座正规寺院——桑耶寺，又从西藏的臣民中推选出七人作为出家人，史称“七试人”，与此同时从印度和内地迎请大批的译师和十几批比丘僧人，建立了西藏第一批僧伽组织制度。所以说，桑耶寺及其组织制度是后来寺院的雏形。

从11世纪中叶到15世纪初，西藏地区先后出现了宁玛派、噶当派、萨迦派、噶举派、格鲁派等主要的教派及其他小的教派，这些教派依靠地方势力建立大批的寺院，但是各派寺院在组织制度上有较大的差别，有的教派组织制度比较分散，没有作为核心的寺院，如宁玛派。有的教派有中心寺院，如萨迦派以萨迦寺为核心发展其分支寺院。噶举派的不同支派也有各自的主要寺院。另外，萨迦派等作为地方割据政权在政教方面形成了较严格的组织制度。从佛教清规戒律方面来看，这时各教派在严守戒律方面尚未统一。宁玛派和萨迦派的僧人可以娶妻生子，其他教派的僧人则不能娶妻生子。更值得注意的是此时的寺院组织制度已形成了主要依靠师徒相传、父子相继的同质性宗教组织制度以维系教派的特点。15世纪初，在西藏历史上形成最晚、影响最大的教派——格鲁派的兴起，结束了那种各自为政、没有统一教规及寺院组织制度的历史局面。格鲁派以教阶严格、教戒严明和教义完备著称。从14世纪末到15世纪初，宗喀巴师徒对西藏佛教戒律进行了整顿，在思想上，以印度阿底峡大师的《菩提道次第论》为基础，系统地吸收了各派的思想，作为理论基础；在寺院组织制度上，全面建立了稳定的寺院组织，为格鲁派的发展奠定了坚实的基础；在教规方面，格鲁派强调出家人过严格的僧侣生活，严守佛教的戒律，同时建立了等级严密、分工细致的寺院组织制度，从此藏传佛教具备了组织严密的寺院制度。格鲁派形成后该派依靠西藏地方的割据势力以及统一的地方政权将它的势力推广到全西藏乃至蒙古、青海、甘肃、四川等邻近的地区。藏传佛教寺院组织制度以拉萨三大寺的组织制度为典型，三大寺均坐落在拉萨郊区，从形式上表达了佛教徒远离尘世的含义，但从其活动来看，这些寺院从未离开过西藏的政治、经济、文化生活，它们通过西藏地方政权，对西藏的政治、经济、文化及人民的日常生活产生了重大影响。20世纪50年代初，在三大寺中修行学习的僧人数量定额为：哲蚌寺7700名、色拉寺5500名、甘丹寺3300名。为了管理众僧，寺院具有等级分明、分工细致的组织制度及结构。