明清交替之际，东亚海域的贸易格局发生改变。1644年，明朝灭亡，清朝建立，国内战乱殃及江西景德镇，景德镇瓷器产量下降，东印度公司购买景德镇瓷器日显艰难。同时，为了打击福建、广东、浙江沿海地区的抗清势力，清朝在顺治十二年（1655年）实施海禁政策，并一直延续到康熙二十二年（1683年）。明末清初，东洋贸易的重心已由吕宋（马尼拉）转到日本。在西洋贸易方面，随着荷兰殖民者于1619年在巴达维亚建立基地，巴达维亚逐渐成为中国商船参与贸易的中心。1728002中国帆船和荷兰东印度公司商船成为这一时期东亚海域贸易活动的主要参与者，二者既是贸易合作对象，又是贸易竞争对手。1728003

这一时期，郑氏海商集团获得迅速发展，逐步成为东亚海域的主导力量。郑芝龙海商集团是明朝末年我国东南海域最活跃的海商势力，它继承了李旦、颜思齐两大海商集团的资产，兼并其他海商集团，逐渐成为东南沿海最重要的海商集团。崇祯元年（1628年），郑芝龙接受明朝廷招抚，从官方所谓的“海寇”转变为正式的“民办海军”，借被政府招抚之机迅速发展海外贸易，确立了自身在东南沿海对外贸易中的霸主地位。1728004顺治三年（1646年），郑成功起兵抗清。郑成功以厦门港为中心继续发展海外贸易，1650～1662年每年大约派出四十六至五十艘商船，前往日本、东南亚等地进行贸易活动。1728005此时，荷兰人与郑成功之间的贸易竞争十分激烈。郑成功从事的贸易中，出口货物以丝织品和陶瓷器为大宗。其内地收购与出洋贩售业务，多由所属商业组织“五商”免责。五商分山、海两路，其中海五商为仁、义、礼、智、信五常，设于福建厦门，以利洋船往返；山五商则为金、木、水、火、土五行，设在浙江杭州，因为丝绸历来多以杭州为集散地，且产于江西的瓷器，亦便于在杭州收购。1728006清廷为了打击郑氏的海上贸易活动，在顺治十二年（1655年）实施海禁，并于顺治十八年（1661年）又发布迁界令，尽迁浙江、江苏、福建、广东、山东濒海之民，企图断绝沿海地区人民对郑氏的一切接济。郑成功反借迁海政策独自掌控了东南沿海的海外贸易。郑成功之子郑经，于1662年嗣立藩主后，继续反清复明，但在1664年全面撤出中国沿海，退归台湾。退到台湾之后，为筹措军费，郑氏海商集团继续开展海外贸易，“上通日本，下贩暹罗、交趾、东京各处以富国”。1728007郑经在福建各地设立贸易据点，同时与广东潮汕的海商集团建立贸易关系，并欢迎荷兰以外的世界各国到台湾进行贸易。对日贸易是郑氏海商集团海外贸易的重要组成部分，台湾则成为郑氏统治后期重要的转口贸易港。

荷兰东印度公司在东亚海域与葡萄牙、西班牙、英国的海上势力开展了激烈争夺，逐步取得了霸主地位。1619年，荷兰东印度公司将其东方殖民地的总部设在巴达维亚，并采取利诱等各种手段积极吸引中国帆船前来贸易。明末清初，荷兰人掌握了绝大多数中国商船输入西方的商品，特别是于1624年占领台湾南部以后，在台湾以热兰遮城为据点把中国瓷器运往荷兰和日本，并开始了中国陶瓷大规模运销欧洲的历程。中国政局的动荡，加上清朝立国之后海禁政策的实施，使得荷兰东印度公司以台湾为基地的东方贸易大受影响。1662年，随着郑成功在台湾建立了一个反清政权（这个政权延续到1683年），并将荷兰东印度公司驱逐出台湾，荷兰东印度公司所控制的以台湾为中心的转口贸易被郑氏海商集团所夺取。中国东南沿海的帆船贸易基本上都被郑氏海商集团控制。在失去台湾作为贸易据点后，荷兰东印度公司无法再与中国进行直接的贸易往来，只能依赖每年航行到巴达维亚的帆船。1728008

在郑氏统治晚期，具体为郑成功将荷兰人驱逐出台湾之后的1670年，英国东印度公司万丹分部派遣商船驶达台湾，开始了郑英贸易。英国东印度公司于1671年在台湾设立商馆，希望以台湾为中继站，与日本、马尼拉及中国（大陆）通商，能够从马尼拉购买黄金、白银及铜，从日本购买木箱和柜子，从中国（大陆）购买丝织品、名贵瓷器及真麝香等商品。1728009英国东印度公司还随着郑经对福建地区的攻占于1676年到达厦门，建立厦门商馆。后来，厦门商馆又随着郑经退回台湾于1681年关闭。但正如林仁川先生所称，郑英贸易无论在商品方面还是在市场方面都非常有限，其在台湾郑氏海商集团的对外贸易中并不占主要地位。

对日贸易是明末清初东洋贸易的重心。日本于1616年、1634年、1635年、1636年、1639年连续发布五次锁国令。1616年，日本幕府第一次颁发锁国令：禁止外国船只（明朝船除外）在平户、长崎两港以外靠岸；禁止日本人搭乘外国船只出海；禁止西班牙人来日本经商。其第五次锁国令规定禁止葡萄牙船前来贸易，其他商船也只准在长崎一地贸易。1641年，日本幕府又把荷兰商馆搬到出岛。1728010通过闭关锁国政策，日本虽然驱逐了葡萄牙人和西班牙人，但对荷兰贸易者仍持较为宽松的态度。日本同时也是郑氏海商集团海外贸易的主要对象，后者在郑芝龙时期即已加强对日贸易，郑成功及后来的郑经每年都会派船赴日贸易。福建海商多从事对日贸易，“通倭之人，皆闽人也。合福、兴、泉、漳共数万计”。1728011在郑氏海商集团崛起之后，对日本的贸易是其大力拓展的业务。日本有着丰富的银矿资源，对日贸易中，有大量的白银输入中国。1728012与此同时，中国从菲律宾马尼拉辗转获得的美洲白银相对减少下来，郑成功还因为西班牙当局对中国商民的欺压对其采取了贸易制裁措施。台湾与日本的贸易在荷据时代已经十分繁荣，荷兰人被驱逐出台湾后，郑氏海商集团以台湾为基地完全垄断了对日贸易。1728013日本受锁国体制影响，结束了朱印船贸易，于是中国船和荷兰船承担起了东亚贸易的运输业务。

越南的阮氏政权也是这一时期东亚海外贸易的重要参与者。17 世纪初～18世纪中后期，越南中南部的阮氏政权为了生存和发展，充分利用其在东亚贸易网络中的优越地位，积极发展海外贸易，把自身的海外贸易推向前所未有的兴盛局面。在此过程中，作为当时东亚海上贸易的主导者，华商集团以操作者、推动者和管理者的身份参与阮氏政权海外贸易发展的全过程，为其发展和兴盛做出了重要贡献。17280141647～1720年，从阮氏政权辖区开往日本的中国商船数达203艘，远远超过东京（指越南北河，63艘）、柬埔寨（109艘）、暹罗（138艘）、雅加达（90艘）。1728015

明郑1728016对外贸易的物资主要包括生丝及丝织品、蔗糖、铜、陶瓷器等。就陶瓷器而言，其来源地及转运方式都发生了明显变化。17世纪后半期，中国在沿海地区实行海禁、迁海政策以及当地频繁的战乱，严重影响了中国贸易瓷对海外的输出。据台时期的明郑海商集团，为了突破经济封锁，除了积极在沿海进行中国陶瓷的走私贸易外，还转向日本等地寻求新的瓷器货源，并通过其东亚海上航运网络，将瓷器转口销售到东南亚各地。