书院与学院的疏离是贯穿书院制改革始终的一个核心问题，内容涉及教育组织创新、教师发展、师资队伍建设与人才培养素质提高等诸多方面。书院与学院两种制度的耦合是构建高效、富有中国特色的现代大学书院制的组织结构的关键，实质是现代大学组织结构和资源的合理重构和优化，其效果取决于书院发展模式的选择、人才培养方案的合理制订、导师机制的完善和社会共治理论的实现。