本文以一个实际项目为依托，探究高校主导型校企科研项目合作虚拟网络组织设计问题。基于互联网时代背景，结合现代先进的组织理念与模式，讨论高校主导型校企科研项目合作组织系统构建应遵循的设计原理，提出了平面型虚拟网络组织设计、矩阵型虚拟网络组织设计、立体型虚拟网络组织设计三类高校主导型校企科研项目合作组织系统结构设计范式。最后，针对一个具体的高校主导型校企合作研究课题，给出了其组织设计具体方案与应用效果的案例解析。