广东亚太创新经济研究院围绕国民经济与创新发展的前沿问题，建立了创新的经济研究体系，重点推进交通经济领域、创新经济领域、服务经济领域、区域经济领域的学术创新与研究成果转化，发挥其咨政建言功能。同时，在发展过程中，形成了清晰明确的发展战略、打造高素质的研究团队、与多方力量建立合作伙伴关系、致力于打造若干优势领域四个方面的特色。