2020年突如其来的新冠肺炎疫情对我国经济运行造成严重影响，这种影响也反映在双创指数的变动上。疫情下，大部分城市的双创指数得分都出现一定的下降。但是，不同城市双创指数得分的下降幅度并不一致：一是初始双创指数得分较低的城市下降幅度较大，而初始双创指数得分较高的城市下降幅度较小；二是在环境支持、资源能力和绩效价值三个一级指标中，环境支持和绩效价值初始得分较低的城市在指标得分上出现更大幅度的下降，而城市资源能力得分的变动则不呈现这种倾向。此外，从双创地位的城市分层来看，疫情冲击加大了各分层内城市双创指数得分的差距。这种双创指数面对负面冲击时的反应模式不仅意味着城市系统演化规律在推进双创工作时的重要性，更为进一步设计双创推进方案提供了思路。