随着MEGA第二部分即《资本论》及其手稿部分的公开出版，马克思恩格斯关系问题也获得了新的发展。如果说以前的研究在某种程度上主要局限于哲学领域，那么，到了当代西方学者这里，这种关系则被延伸到《资本论》和政治经济学批判领域。在他们看来，马克思恩格斯不仅在哲学原则上是对立的，在整个政治经济学批判方法和《资本论》问题上也是对立的。这些研究打着“价值中立”的旗号，以文献考证方法为支撑，力图再现马克思恩格斯之间的思想差异，表面上看似客观，实际上却带有明显的解构主义倾向，是一种脱离思想史研究的文献拜物教。我们必须从马克思主义发展史和工人运动实践的高度，实事求是地看待恩格斯的编辑工作，那种戴着“有色眼镜”或原罪推定的心态，故意制造马克思恩格斯对立论的做法，在理论上不仅是错误的，在政治上也是完全反动的。