本文利用全球专利、论文数据，从穗港合作申请专利、专利技术转移以及合作发表论文等方面分析了两地科技创新合作现状，发现穗港科技创新合作整体呈现以下特点：一是论文合作数量较多，但合作基本上只是在高校与科研院所之间进行，中山大学、香港大学等高校为两地科技论文合作的“领头羊”；二是专利合作数量较少，专利合作行为主要发生在具有亲缘性关系的企业之间，医药及化学领域的专利合作最为活跃。目前穗港科技创新合作总体存在专利技术创新尚未形成合力、企业参与度较低、科技创新合作成果转化运用不足、广州在香港与内地城市科技创新合作中的地位尚不突出等问题。基于以上发现，本文从加强统筹协同、强化企业在穗港科技创新合作中的地位及作用、提升穗港科技创新合作的广度和深度、借力香港开创广州国际科技创新合作新局面四个方面提出了广州深化穗港科技创新合作的对策建议。