2010年4月，吉尔吉斯斯坦政局再度发生激变，国家最高权力以非正常方式更迭。6月，吉南方地区发生严重种族骚乱。“四月事件”和六月南方骚乱造成大量人员伤亡和财产损失。在吉过渡政府主持下，全民公决得以举行并通过新版宪法；在新版宪法的基础上，举行议会选举并组建新一届政府。上述变化的结果是，吉从总统制转为议会制。在此期间，上海合作组织及其成员国及时向吉政府和人民提供物资和道义支持。随着吉国内局势的逐步稳定，吉与上合组织成员国的合作也在稳步推进。