2009年以来，中越两国在南海问题上展开了新一轮博弈。作为大湄公河次区域合作机制中的成员国，中越两国在南海问题上的结构性矛盾及其引发的冲突一定程度上降低了大湄公河次区域的地区性，对大湄公河次区域合作机制的推进产生了一定影响。同时，美国、日本和印度等域外大国也通过加强与越南的关系介入南海问题，使中国在南海问题上面临着更大的外部压力。当然，由于大湄公河次区域的其他四个成员国在南海问题上与中国并无争议，因此，南海问题对大湄公河次区域合作的影响毕竟有限。