2013～2014年的土耳其与以色列关系经历了许多波折，这对两国关系提出了严峻的考验。“袭船事件”的发生，使土耳其与以色列关系恶化并降至历史最低点。2013年3月，以色列向土耳其正式道歉，两国关系趋向缓和。2014年7月以色列对加沙地带发动代号为“护刃行动”的军事行动，使土以关系再度陷入低谷，同时双方还在伊朗、希腊和塞浦路斯问题上存在对立和分歧。作为曾经保持着某种“准同盟关系”的中东地区两大主要国家，随着国际政治环境的变化和土耳其国内社会的变化，土以两国构建良好关系的基础受到了多方面的冲击。西方认同感的削弱、土耳其国内伊斯兰势力的上升、土以军事结盟基础削弱、土耳其改变亲以的外交政策、巴勒斯坦问题的争端、土美关系出现波折、土耳其领导人的反以倾向、以色列内部的分歧等因素都对土以关系产生了重要的影响。