CEPA的签订、粤港合作联席会议制度升级等因素，推动粤港之间经济合作迈上新的台阶。但是，由于粤、港、澳之间体制差异和历史形成的种种障碍导致三地在交通等基础设施建设上存在的诸多问题，既不利于实现高效的资源配置，同时也降低了已有设施的服务水平。因此，深化“大珠三角”区域合作，首先应从区域交通基础设施规划建设的协调与合作开始，对区域内的港口、机场、公路、铁路等基础设施的整体布局和功能定位进行合理分工。