党的“十六”大提出司法体制改革应当按照司法公正的要求，“完善司法机构设置、职权划分和管理制度，进一步健全权责明确、相互配合、相互制约、高效运行的司法体制。”“十七”大又提出了“深化司法体制改革，建设公正高效权威的社会主义司法制度”的目标，这为进一步推进和深化司法制度改革指明了方向。在推进司法制度改革的进程中，除需对司法工作机制以及司法体制改革作出分界外，其改革选择何种进路，路径的展开是否符合制度本身内在的规律以及应然的逻辑，不仅关系到司法体制改革的实效，更关系到后续改革能否按照预设的目标持续推进。如果司法制度改革进路出现偏颇，则会导致“改革”陷入来回摇摆的怪圈，还会伤害其他相关制度，付出不应有的代价。本文从司法制度改革的内在逻辑出发，根据司法制度系统的层级结构及阶序位置，推导出司法制度改革的应然进路，以期为下一步的司法鉴定体制改革，特别是建立统一的司法鉴定管理体制，提出建议和思路。