在明初的几十年间，先后雕造了三部官版大藏经，这在中国大藏经的雕刻史上是空前绝后的。现在国内各地收藏的古本中，也以这时的版本较为常见。由于明太祖朱元璋定都南京，后来明成祖朱棣又在永乐十八年（1420）十一月迁都北京，所以世人将刊刻于南京的大藏经称为《南藏》，而刊刻于北京的则称作《北藏》。又因《南藏》有过两次雕板，所以有《南藏初刻本》与《南藏再刻本》（又名《永乐南藏》）的区别。《南藏初刻本》刊成后不久，因寺灾，经板焚毁，印本流传极少。但是在随后的10年，《南藏再刻本》刊竣。由于两次刊刻同在一地，而且先后刊刻的间隔又很短暂等缘故，因此明末以后，人们已不知《南藏》还有过两次刻板。这种情况一直延续至20世纪初。