政府规制（简称规制）是政府为了维护公众利益、纠正市场失灵，依据法律和法规，以行政、法律和经济等手段规范特定市场主体活动的行为。农民专业合作社，是一种有效提高农民组织化程度的合法垄断组织，是一种特殊的企业组织。政府对其的规制由管理规制、商业规制、技术规制、资本规制、会计规制和安全规制六项内容构成。合作社制度所具有的先天竞争劣势，是其为广泛的正外部效应所付出的成本，需要政府通过规制对其成本予以补偿，用扶持政策弥补其竞争劣势。因此，目前的合作社规制政策中，扶持性政策远多于规范其内部管理及市场运行的政策。

政府对农民专业合作社的规制，需要在确立适宜的价值取向的基础上展开。规制的价值取向，既可以体现在规制法规的拟定、出台和具体实施中，也可以体现在规制内容的偏重、规制方法的选择、规制机构的设置和职能部署以及规制主体的绩效评价中，甚至可以从规制结果中反观之。它会影响规制者在行政过程中的行为选择，以及规制对象对合作社发展的信心，还会影响社会对合作社的评价及接纳程度。目前，农民专业合作社方面政府规制的价值取向存在一些偏差，亟须适度矫正。