1993年4月27日，在新加坡汪辜会谈中汪道涵会长曾提出：“两岸需要重视知识产权的保护和标准化统一的问题，研究交流合作规范的建立……研究建立两岸科技专利等信息系统”，“大陆方面欢迎台湾同胞来大陆注册商标、申请专利以及进行版权贸易和出版交流，依法保护台湾同胞的知识产权，为此还专门制定了一系列规范性规定，采取了包括行政、司法程序、代理制度在内的一整套保护手段和便利措施……我们十分乐见两岸知识产权界加强联系与合作，希望台湾方面为确保这种经济、文化交流，提供切实保障和便利。‘海协’已得到授权，愿意与海基会就两岸知识产权保护问题进行商谈。”汪辜会谈双方达成共同协议，把两岸智慧财产权（知识产权）保护列为本年度协商议题之一。

由于李登辉公然抛出所谓“两国论”及台湾陈水扁当局拒不承认一个中国原则和“九二共识”，严重破坏了祖国和平统一的基础，致使两岸事务性、经济性商谈相隔多年一直无法继续顺利开展下去。

随着新世纪的到来，祖国大陆与台湾相继加入WTO，加上中国单独关税区的香港、澳门，WTO组织中共有四个中国成员。由于中国的特殊情况，两岸“入世”将使祖国大陆与香港、澳门、台湾三地之间的经贸关系发生重大的变化。为了适应两岸加入WTO之后两岸暨香港、澳门经贸关系发展变化趋势，为了适应经济、科技全球化发展要求，海峡两岸暨香港、澳门有必要建立自由贸易区，在“四地”逐渐建立起一种要素和商品无障碍流动的自由贸易关系，具体体现两岸暨香港、澳门之间一个国家内几个不同体制地区的特殊关系和客观现实。

2005年4、5月间，中共中央总书记胡锦涛与国民党、亲民党领导人分别进行了历史性会谈，两份公报都强调要促进两岸经济全面交流与合作、建立密切的经济合作关系，并且提出了具体促进的重要事项，指明了两岸经济交流与合作的方向、思路和重点。2006年10月17日，两岸农业合作论坛在海南省博鳌举行，全国政协主席贾庆林指出，两岸要共同加强农业领域知识产权保护，切实保障农民的正当权益，保护好台湾农产品的品牌。同时，陈云林主任宣布了大陆推出的20项扩大、深化两岸农业合作新政策，提出了保护台湾农产品知识产权，维护台湾农民正当权益的具体措施。当前，在WTO框架下构建中国两岸暨香港、澳门自由贸易区是密切两岸暨香港、澳门经贸关系的重要出路。

海峡两岸暨香港、澳门构建自由贸易区的一项重要内容就是需要选择适当的知识产权合作模式，采取具体步骤，加强知识产权保护的交流与合作。当前，无论是立足于两岸经济交流与合作的既有基础，还是前瞻世界经济、东亚区域经济发展的趋势，都应全面深化和扩大两岸知识产权交流与合作，推进高新技术、基础科学等方面的交流与合作，努力提高创新能力，在重要产业领域创立中国人主导的技术标准、知识产权和品牌。

随着两岸经贸和人员交流规模日益扩大，由此衍生而来的知识产权问题日益突出，历来受海峡两岸暨香港、澳门产业界、学术界和当局的关注。近年来台商大规模转移产业到大陆投资设厂，大陆经济快速成长，双方知识产权纠纷越来越严重，它已经成为两岸经贸继续扩展和达到经贸共进双赢的首要障碍。

随着知识经济时代来临和两岸相继加入WTO，两岸同在WTO既定规则下（Chen，2005）面对知识产权问题和纠纷究竟该如何处理，究竟是通过WTO纠纷处理机制还是建立两岸内部对话和协调机制最有利需要两岸人民发挥智慧和想象力1698456。

目前，大陆泛珠三角地区九省区与港、澳已经建立了泛珠三角区域知识产权合作框架协议和联席会议机制，并取得了积极效果。

海峡两岸暨香港、澳门在建设自由贸易区中究竟选择何种知识产权合作模式？采取哪些具体步骤，达到什么样的效果目标？建立什么样知识产权合作交流机制和沟通协调渠道去解决面临的知识产权纠纷？这些问题是本文拟展开深入研究的具体内容。