大学和政府作为两个性质不同的社会组织，二者之间关系错综复杂，矛盾不断，焦点是自主和控制。俄罗斯现代大学制度发展的二百多年中，大学与政府就管理大学的权力不断博弈。然而几乎每次高等教育改革的后果都是国家主义或国家意识的强化。由政府创建大学从发生学的角度先在地规定了大学管理的国家属性，在与政府的博弈中大学往往处于被动和弱势地位，“大学自治”是国家赋予的，可以随时收回和剥夺。从帝俄时期、苏联时期乃至解体后俄罗斯时期，政府几乎始终处于强势地位。

在解体后的短时期内，再次发生由“大学自治”向“政府控制”的新一轮的钟摆。这种运动轨迹并非简单的历史轮回，而是试图构建一种基于历史文化传统、符合俄罗斯现阶段社会发展需要且与世界高等教育变革趋同的一种新型关系。