制度经济学的发展主线有两条：一是从空想社会主义到马克思主义政治经济学，进而延伸至苏联社会主义及中国特色社会主义政治经济学；二是从德国历史学派到美国制度学派，进而延伸至新制度经济学。从发展历程看，制度经济学涉及多个经济学流派，主要包括马克思主义政治经济学、德国历史学派、美国制度学派、新制度经济学派和公共选择学派。此外，制度经济学的发展还与古典政治经济学、新古典经济学密切相关。根据学派建立时间的先后和相互关系，制度经济学可大概划分为三个发展阶段，即早期制度经济学阶段（19世纪90年代以前）、中期制度经济学阶段（20世纪初至50年代）和现代制度经济学阶段（20世纪60年代至今）。