在2008年台湾政局发生重大变化并开始全面调整对外政策的同时，日本方面麻生太郎接替福田康夫出任新首相。伴随着国民党与民进党的权力更替，对马英九一直抱有“亲中反日”成见的日本各界，普遍担心台湾的亲日路线会发生变化，忧虑两岸过快接近，影响日台关系及东亚局势。再加上马英九上台伊始，即遭遇“联合”号被撞事件，日台关系一度紧张。为扭转局面，马英九积极化解日方误解，多方位强化对日工作，但仍无法完全消除日方疑虑。在短期内日本难以完全消除对“台湾当局”的不信任、台湾暂时也缺乏娴熟对日事务的工作团队的情况下，日台之间的相互磨合尚需时日。

2008年の台湾選挙では、国民党が民進党に勝ち、8年ぶりに国民党政権が戻ってきた。馬英九のリーダーシップにより、国民党は大陸との緊張関係が緩和され、台湾の政局は大きく変化した。馬英九に対して「親中反日」のイメージを抱く日本各界は、台湾と大陸の急速な接近が、日台関係に影響を与えるのではないのかと心配し、釣魚島で起きた台湾漁船沈没事件も加え、日台関係は一時緊張態勢に陥った。その後馬英九が、対日関係を強化し、日本側の誤解を解くことに努めたが、、短期間で日本側の心配を払拭することができなかった。当分の間、日本と台湾の軋轢が続くと思われる。