明郑政权立足台湾22年，随着清朝在大陆统治秩序的建立，明朝复兴无望，台湾一隅之治越来越难以为继。1683年，清朝统一台湾，次年设立台湾府，归入福建省行政序列。从此，台湾隶属福建省管辖201年。福建从宋到明，一直有八个府（州、军、路）建置，习惯称“八闽”，台湾府加入后，称“九闽”，后来闽东地区的福宁州升格为福宁府，又称“十闽”。台湾并入福建省行政序列后，大陆移民持续增加，人口迅速发展，土地开发逐步推进，地方行政建置也随之不断完善。到19世纪中期，台湾已从清初的一府三县建置，扩展为一府四县三厅建置，成建制地区主要是中央山脉以西、地势较为平缓、呈南北走向的狭长地带。由于内山地区的原住民与汉族移民和平埔族关系颇为复杂，清朝采取“汉番”隔离政策，对内山及山后的原住民地区疏于政教。这种状况，在近代西方列强侵入中国后，成为列强主导的国际法语境下所谓“无主土地”的解释空间，从而给外国入侵留下借口。清朝在付出沉重代价之后，加快了开发台湾中部、东部的步伐，并着力完善各级各地行政建置，到19世纪80年代，台湾共设二府八县五厅，基本上实现了本岛行政建置的全覆盖，进一步巩固了台湾主权。