数字经济作为一种新型经济业态，为农业高质量发展提供了新的契机。利用2011～2020年中国省级面板数据，引入中介效应模型，系统考察数字经济对我国农业全要素生产率的影响，并将农业全要素生产率分解为农业技术效率和农业技术进步，探讨数字经济对农业全要素生产率的影响机制。研究发现，数字经济能够显著促进农业全要素生产率的提升，且直接效能的促进作用大于衍生效能，技术创新在数字经济与农业全要素生产率之间起到了部分中介作用。数字经济的直接效能对东、中部地区农业全要素生产率的促进作用更为明显；数字经济的衍生效能对东部地区农业全要素生产率的促进作用更为明显。进一步分析发现，我国农业全要素生产率的提升主要靠农业技术进步驱动，而农业技术效率却起阻碍作用。为此，应大力提升农村数字经济水平，促进中西部地区数字信息技术发展，全面提升农业全要素生产率。