随着1953年斯大林去世和赫鲁晓夫上台，1958年政教关系又复杂起来。赫鲁晓夫为了跟资本主义“赛跑”，不惜在政治、经济等领域实行了一系列冒险主义政策。在意识形态方面，提出要克服苏联人民头脑中的“资本主义残余”，并在宣传领域加强了斗争。思想领域的高压政策又一次落在东正教头上。苏联领导人要求不折不扣地执行1929年旨在反宗教的宗教法令，对教会活动严加限制。赫鲁晓夫时期的确没有再对东正教徒进行流血性质的迫害，没有像以前那样枪决教职人员，但是报刊、广播、电视等媒体对宗教信仰是持否定态度的。当时又重提“消灭宗教”的口号。社会舆论中“左”的观念十分普遍，即认为苏联已成为群众性无神论社会，宗教处于不可克服的危机之中；苏联已经不存在产生宗教的客观条件；已经登记的宗教团体完全可以满足教徒需要；为使群众摆脱“宗教迷雾”的束缚，必须不间断地开展无神论宣传等。

无神论和反宗教斗争的强大攻势，转化了不少宗教界人士，他们陆续站到了反宗教阵营中来。1958年出版的反宗教宣传小册子，参加撰稿的人中就有教会的知名人士。1959年12月5日《真理报》发表了列宁格勒神学院一名教授的文章，文中对教会和上帝进行了诋毁。1959年12月30日，以阿列克西为首的圣主教公会签署决议，谴责上述教会人士的做法。阿列克西牧首意识到教会内部这种与社会宣传相呼应的行为将给教会以致命打击，他急切地站出来作了一次慷慨激昂的长篇发言，他说俄罗斯教会团结着数百万教徒群众，“他们是国家公民，他们借我之言辞告诉大家，教会曾帮助俄罗斯民族组成一个完整的国家；教会维持了人民的秩序，培养了人民的责任心、对国家的义务感和民族自豪感；教会创造了优秀的文物，丰富了民族文化；教会在1812年的卫国战争和二战的卫国战争中帮助国家打击外来侵略者……总之，人们应该满怀欢欣接受和祝福教会”10365320。牧首的一番话虽然没能改变教会受压制的处境，但是，由于这个讲话公开刊登在《莫斯科牧首公署杂志》上，有一定影响力，许多信徒受到鼓舞，振作起来，使教会保留下为数众多的信徒。

与此同时，教会为了适应社会主义社会，以神学界一部分人为代表，逐步放弃了教会在社会观上的中立立场，转而倾向于研究和宣传共产主义基督教观点。这种观点认为，“基督教乃是人们为了建设地上生活而快乐地劳动的宗教”，而共产党人从事的正是这种“建设”，这一事业符合劳动人民包括信教群众的利益，因此教会应该支持共产党人的建设活动，尽管它的方向是社会主义而非宗教理想。教会的这一导向促使教徒群众把深刻的宗教信仰和对传统的忠诚，与社会主义思维方式加以协调，把为教会服务和为社会服务统一了起来。

为了适应社会主义社会的形势变化，1961年7月18日，阿列克西牧首在谢尔吉圣三一大教堂召集主教会议，通过了圣主教公会关于改善教区生活现有体制使之适合民法的提案，对1945年的《俄罗斯东正教会管理条例》作了一些相应的修改。1945年条例重点明确了教区的主教和教堂首席神父的地位和权限，使他们在教徒生活和教堂财政方面有绝对的管理权，而新的提案增加了“关于教区”的章节，将经济财务活动转交由在家教士组成的执行机构管理。这样就相对削弱了主教个人的管理权和责任，放权给平信徒，增加了民主监督。

苏联政府在20世纪50～60年代，以各种理由陆续关闭和拆除了一大批教堂，理由诸如：战争时期开放教堂是为了特殊需要，学校附近不适宜建有教堂，教堂建筑妨碍交通线路，等等。1963年，基辅的别切尔斯克洞窟大教堂被关闭。这个地方是俄罗斯人的圣地，罗斯人受洗的第聂伯河经此流过，从这个修道院中编印出了古罗斯第一部编年史，这里每年吸引约50万人前来朝拜。因此，关闭别切尔斯克洞窟大教堂对教会来说是个沉重的打击。至60年代末，教会的基本群众只剩下一些在战时和战后投身教会的老年人，且绝大多数是妇女。此外，首都莫斯科的知识分子中尚有零星的教徒。

60年代中期，由于赫鲁晓夫下台，苏联国内东正教会的状况随之发生了变化。新的国家领导人勃列日涅夫意识到赫鲁晓夫的许多设想是不切实际的，所以开始比较冷静、比较现实地对待信教群众，因为他们占了人口的很大一部分，是不可忽视的社会群体。国家在政策上已不再大规模限制宗教团体的活动。

但对于教会来说，由于农村人口陆续向城市迁徙，农村的一些教区教徒锐减，教区几乎失去了组织功能。而随着城市化的进程，城市人口增多，开辟新教区成了迫切问题。60年代后半期，全国范围内的教区自然减少。受50～60年代不正常情况的影响，到60年代末，原来传统上高级僧侣轮换教区的制度实际上一直也没有实行。因此，主教和大主教在自己管辖的主教区内有更大的权力来控制一般的神职人员的活动。在环境变得比较宽松的情况下，一般神职人员，即教堂的实际主持者们，开始对上层表现出不满。怎样理顺教会的上、中、下管理层的关系，使教会活动有序发展，已迫在眉睫。