1991年12月8日，俄罗斯领导人叶利钦与乌克兰领导人和白俄罗斯领导人在别洛韦日丛林别墅会见，签署了《建立独立国家联合体的协议》，13天以后，中亚5国和外高加索国家也退出苏联加入独联体。12月21日会谈结束的这一天标志着苏联这个超级大国永远地成为了历史。苏联总统戈尔巴乔夫于12月25日辞职，苏联正式解体。

这一时期东正教会面临的不安定因素来自两个方面。一是由于国家解体、原来各加盟共和国纷纷独立，使教会面临分裂的严峻局势；二是因为教会恢复正常活动以后，其成员对过去教会上层长期屈从政府的做法产生质疑，内部出现不团结。

苏联分裂成了15个国家。同时，俄罗斯、乌克兰、白俄罗斯、阿塞拜疆、亚美尼亚、哈萨克斯坦、乌兹别克斯坦、吉尔吉斯斯坦、塔吉克斯坦、土库曼斯坦、摩尔达维亚11个国家协议组成独立国家联合体。这样一来，信奉东正教的人就分布在了独联体的不同国家里，这是史无前例的大变化。教会经历了分裂的考验。教会当局说，“当时教会比其他人都更清楚地意识到国家正在发生社会政治体制的转换”，当人们为国家“消除极权主义”而喜悦的同时，教会担心的是兄弟民族和兄弟邻邦起内讧，即独联体内不同国家的东正教徒之间出现矛盾，以及东正教徒在某些地区成为少数而受到排挤。1990年教会发布《告全体主教、神职人员及平信徒书》，着重指出，教会依然是统一的教会，必须服从莫斯科牧首区指挥；它提醒人们，分裂因素不仅关系到俄罗斯境外的东正教会，而且影响到国内教会。1990年5月，主教大会接连通过两个文件——《自由的东正教会关于教区的规定》和《俄罗斯东正教境外教会主教大会致可靠的神职人员和富有爱心的教徒群众的命令》，阐明了教会加强内部团结统一的决心和具体措施。针对东正教会内部也有人主张建立独立的新教区的问题，1991年10月，阿列克西二世发表公开信表示“真诚地愿意对话”，经过努力，教会认为在那急风骤雨般的悲惨日子里，圣主教公会努力制止了兄弟间的内讧，以慈悲和公正的原则促进了社会生活的稳定。

此外，东正教会内部也出现了反对和不信任教会上层的意见，这是指，有人总是对1927年谢尔吉都主教和其他5位神职人员发表的《教牧宣言》耿耿于怀。他们指责当年由于谢尔吉所代表的教会上层对苏维埃政府“表态效忠”，造成教会的分裂，损害极大，“表态效忠”也使苏联政权接下来迫害教会更加顺当，有不少人被投入监狱，或遭流放。他们认为从那以后教会就完全屈从于政府。对此，现教会发表三点申明：首先，现今东正教会对谢尔吉代理牧首在当年复杂的条件下为争取教会生存而作的努力包括妥协给予尊重；其次，教会向群众说明，谢尔吉当时是代理领袖，他能采取决断并非他个人的作用，应该是集体的、主流的决定；再次，现教会与那时的教会已经没有关系，人们不能再追究历史的旧账。

东正教会为了“吸取教训”，圣主教公会在1990年4月3日公开表示：“东正教会不站在任何团体或党派利益的一方，不把自己的命运同某一政治方针连在一起。”而现在，教会觉得广大信徒应该了解当时的历史背景和事实真相，对此作完全独立的思考。教会认为对当时的情况应该考虑几点。（1）谢尔吉的权限，当时他是代理领袖，受权于临时牧首彼得，而牧首彼得则是在1926年经过全体教会包括境外教会一致推选的。（2）宣布效忠的《教牧宣言》的草案是经过临时圣主教公会讨论的，其发表应该说并非出乎人们意料之外；之后相应地发表在《消息报》上的公告，也准备了月余之久，而且是公开的。现在看来，当然不能说这个公告是个完美的文件，里面不乏不得已的说法，但当时也是考虑能使这个文件在管理机关通过才这样做的。（3）1927年《教牧宣言》的基本思想中没有吞吞吐吐的言辞，更没有说“教会与无神论政府利益一致”，这说明圣主教公会的心仍然是贴近教徒群众的。因此，指责1927年《教牧宣言》是教会受迫害的原因，是没有根据的。20世纪30年代大批主教、神职人员及平信徒遭受迫害，其实包括圣主教公会的高级神职人员也未能完全幸免，这些都是为了信仰，为基督而受难。如今回过头来指责教会是没有意义和不利于当前的团结的。教会竭诚的努力和中肯的表态成功平息了大转折时期国内外教会的分裂因素。