俄罗斯东正教会领袖把1988年举行的千年纪念活动比喻成“俄罗斯人民的第二次受洗”，看来不算为过。一方面，纪念活动的规模大大超出了教会的范围；另一方面，他在俄罗斯人民心中产生了深刻而广泛的影响。教会领袖阿列克西二世说：“正在发生的改变不可能成为过眼烟云。因为基督教在俄罗斯大地上的一千年不可能完全销声匿迹……我们知道人类的历史，知道上帝对其子民的爱，我们由此汲取信心。”10365336

事实上，1988年以后，苏联国内由于经济体制的弊病导致生产效率低下，美苏两国的军备竞赛又使苏联耗资巨大而不堪重负，戈尔巴乔夫的社会经济改革也遇到阻力，见不到成效；民用物资供应持续短缺，影响到苏联人民的日常生活，重重问题使人民对苏联执政党的信任度大减，苏联社会出现了信任危机，形成了空前的“宗教热”。当时，油印的《福音书》小册子在青年学生手上传阅，《圣经》在黑市上卖到60卢布一本（相当于当时一个在岗工人半个月的工资，一个退休工人一个半月的退休金）。1988年，教会得以自行印发10万本《圣经》，国外运进来的数量更大。千百万在无神论教育中成长起来的人拥进教堂，希望了解宗教，或者仅仅为了欣赏教堂音乐，感受气氛，放松心情。不时也可见到中老年人去教堂补办婚礼。教会活动家们通过媒体，在报刊上发表文章，在广播和电视中露面，接受访谈，讨论社会普遍关心和焦虑的道德问题、文化遗产问题、民族问题等；总之，凡是同宗教有关的一切事情，都引起了人民极大的兴趣。

进入20世纪90年代，特别是颁布了新宗教法以后，教会生活开始走上正轨，全俄主教会议每两至三年召开一次。至1994年主教大会时，主教区达到114个，在职大主教136位。与1988年相比，当时是67个主教区，74位大主教。新任牧首不断地为新开设的教堂祝圣，原来很少有的在克里姆林宫的宗教仪式也恢复了。

随着教会作用在社会上的增长，教会与政府的接触日益增多。牧首可以定期地与总统、总理和政府官员会面。其他国家的首脑到访俄罗斯，也都安排会见教会领袖，例如智利、韩国、美国总统都在20世纪90年代中期先后会见俄罗斯大牧首。俄罗斯教会方面十分看重这类活动。俄罗斯东正教会领导人在出访希腊、以色列、约旦、塞浦路斯、美国、叙利亚时，都会与其国家领导人会面，阐明教会对一系列国际问题的观点。例如它特别关注南斯拉夫在信仰上和文化上都接近俄罗斯的塞尔维亚人。希望塞尔维亚人、克罗地亚人、穆斯林，能和平解决巴尔干半岛的复杂问题，“靠剑是不行的，只有停止武力，对话和互相让步才能解决危机”，为此教会专门发了两个文件。此外，牧首还面见南联盟东正教会领导人和克罗地亚天主教弗兰尼奥·库哈利奇主教。1994年6月在莫斯科召开会议，独联体和波罗的海国家的基督教会和组织代表参加，伊斯兰教、犹太教、佛教团体亦派观察员参加。

经过教会多年努力，原来被收藏在国家博物馆的一些宗教珍品，包括圣像、圣物，终于物归原主。1992～1994年，东正教会收复了138处长期被国家用作博物馆或文化设施的古修道院，其中包括著名的新耶路撒冷修道院、克斯特洛姆的圣三一修道院，同时恢复了修士生活。1995～1996年是国家归还教会圣物最多的时期。这也是教会生活中的重大事件，每次为安置圣物举行的隆重仪式都会吸引成百上千的各地教徒。

在新形势下，教牧人员中存在各种各样的政治信念也是正常的，但是教会作为整体，对政治的态度是统一的，也就是说，不允许因个人的政治观念分裂教会，不能妨碍传教事业。本着这种精神，当独联体和波罗的海国家需要建立良好的国家关系时，教会可以在双方互不干涉对方事务的前提下，在社会服务、科学文化、保护历史文物和人民精神道德教育方面互相帮助。

20世纪90年代中期，在克里姆林宫几个主要教堂举行的宗教仪式达到每年20次左右，一般都是在大的宗教节日，或某个圣徒的纪念日举行。牧首活动频繁，范围大大扩展。阿列克西二世牧首在1997年的主教会议报告中说，1994～1997年他在基层教区、修道院和地方教会总共进行圣事484次。莫斯科周围的重镇弗拉基米尔、苏兹达利这些历史上最古老的东正教中心教区是牧首去得最多的地方。白俄罗斯、塔什干的教区也受到重点照顾。哈萨克斯坦教区、瑞士日内瓦教区（唯一在法律上属于俄罗斯东正教会的国外教区），这些历史上以往各任牧首从未光顾过的国家和地区也留下了阿列克西二世的足迹。1995年11月16～24日，阿列克西二世应天主教会、福音教会和东正教柏林主教区的邀请，参加了在德国召开的主教会议，这也是俄东正教会最高领袖有史以来第一次踏上德国领土。1996年11月，在中亚教区建立125周年之际，阿列克西二世到访。据统计，1994～1997年3年时间里牧首正式访问了55个教区，视察了20个教区，用阿列克西二世的话说，他“到处见证东正教的复兴”。

阿列克西二世为了表明恢复宗教生活的决心，表现教会实力和增加感召力，在20世纪90年代初决定重建莫斯科市中心的基督救主大教堂。原教堂是为纪念俄罗斯战胜拿破仑而建，总共耗时40多年于1883年建成，曾经是国内最大的教堂，雄伟壮观，富丽堂皇。1936年，无神论者为了显示反宗教的决心，根据斯大林的决定，炸毁了它，后来在原地基上修建了一个公共游泳池。历史真是饶有兴味，时隔50余年，公共游泳池被关闭并拆除，教堂又死而复生了，1995年基督救主大教堂由牧首亲自奠基，教堂完全按原图纸原规模重建。1996年复活节，牧首于尚在修建中的一层主大厅主持了第一次仪式。这次重建工程是在俄罗斯国力衰退、物资匮乏，甚至人民生计都成问题的情况下进行的。社会为此投入的人力不计其数，耗资之巨大令人难以置信。在重建过程中，教会得到了莫斯科政府和卢日科夫市长的直接领导。所用资金来自企业、机关、社会团体和个人的捐助。叶利钦政府虽然没有直接投资，但他为参加赞助的所有企业减免了当年税收，充分表现了政府对教会的支持。这座教堂的重建实际上成了20世纪90年代东正教会新生的标志，东正教精神复兴的象征。

教会积极与政治党派促进关系，准备在一切善事上与任何人合作，通过接触表明教会对社会问题的观点。教会还关心部队官兵的精神面貌，鼓励他们在主的庇护下效力祖国。教会与军队的关系中断70年之后，逐步恢复了。圣主教公会在此期间召开的历次重要会议，主要讨论教会与外部世界的关系和与国家的关系问题。1996年圣主教公会新增设两个部门，一为“与武装力量和警备部门的协作部”，二为“传教部”。另外，新建的出版委员会，加强了此方面的工作。

基层教区的宗教生活恢复很快。20世纪90年代中期教会公布的大主教区是124个，基层教区约18000个（1988年是6800个，1994年是12985个），拥有主教以上教职的高级神职人员146名，其中约1/3是两年之内新提升的，新提升的高级神职人员有年轻化的趋势。因此，原先数十年没有高级神职人员主持的一些教区，例如哈巴罗夫斯克、乌里扬诺夫斯克、切里亚宾斯克等大教区，都在此期间配备了主教。若干大修道院开始恢复使用。1997年东正教会的修道院总计390座（185个男修道院、205个女修道院），其中244个在俄罗斯、89个在乌克兰、57个在其他独联体国家、波罗的海国家和海外，其中著名的有：雅罗斯拉夫的托戈斯克修道院、喀路日斯克的奥普吉修道院、古罗斯的圣地——基辅洞窟大修道院。此外在莫斯科、梁赞、依万—弗兰克弗斯克、库尔斯克、基什涅夫、里沃夫等著名城市共开放29座修道院。所有修道院实行住宿制。教会寄希望于这些修士以后能有意愿有能力从事传教事业。因为东正教教育长期断档，人才缺乏已成危机，即便在高级教职中，能影响教徒精神生活的人也已极少，而且，年龄结构偏老。一些正直善良的修士充其量在一些小修道院恢复了社会服务活动，比如为酗酒者、吸毒者提供帮助。

苏联境外拥有东正教堂176个，其中有9座修道院和隐修区、7个主教区、2个监管区。在这些地方供职的有12名大主教和71名教士，其中51人行政上受俄罗斯东正教会管理，归圣主教公会对外关系部领导。他们除了教会事务以外，还与当地外交机构和社会团体建立广泛的联系。1997年，莫斯科牧首公署将一系列基层教区划归自己管辖，包括伊朗的圣尼古拉教区、巴西的圣谢尔吉·拉多涅日教区、瑞典的圣谢尔吉·拉多涅日教区、蒙古的圣三一教区。此外，1996年还在荷兰设东正教教堂建设基金，同年，为法国东正教教堂、德国柏林教区的尼古拉教堂祝圣。

俄罗斯的耶路撒冷传教团在东正教会海外机构中占有特殊地位。该传教团1847年建立，在1997年建团150周年之际，俄罗斯东正教会特地派出专家参与教堂修缮和扩建工程。从20世纪90年代开始，前往那里朝圣的人逐年增多。俄罗斯每年组织教区神职人员和神学院师生前去朝拜。

教会人士参政议政是教会进入社会生活的又一重要方面。自1988年以来，宗教界和文化界强烈要求最高苏维埃和各级人民代表中应有宗教徒代表，以保障法律赋予宗教的正当权利。1989年春，东正教会有3人当选最高苏维埃代表，1990年当选地方各级人民代表的东正教神职人员有192人。教会认为自己应当参与教育、保健、环保事业，负责武装力量的精神育养。总之，要尽可能地扩大其社会活动领域。