这一时期东正教会与非斯拉夫世界的关系有颇多周折。到了20世纪80～90年代之交，即苏联解体前后，波罗的海三国立陶宛、爱沙尼亚、拉脱维亚的民族独立运动兴起，就连在历史上从未形成过国家的格鲁吉亚、亚美尼亚也开始争取独立，而这些原处于苏联内部的加盟共和国并非清一色的东正教信仰，其独立运动始终以其宗教为精神武器。例如在立陶宛，就有90%的民众深受罗马天主教的影响，数次十万人的抗议活动就是由当地天主教会发动起来的。而西部乌克兰地区，受到波兰天主教的强力影响，原来居民基本上也是信奉拉丁式典礼的天主教徒。由于天主教长期被东正教徒视为异端，因此，在上述地区，天主教一直处于“地下”状态，东正教的“帝国宗教”恶名也由此而来。由此，俄罗斯东正教与梵蒂冈教廷出现了新的摩擦。随着民族独立运动的不断深入，宗教独立运动方兴未艾。1989年12月，力促推进其“新思维外交”的戈尔巴乔夫访问了梵蒂冈，与罗马教宗约翰·保罗二世举行了会谈。戈尔巴乔夫向后者保证，今后天主教将在苏联各地获得自由发展。一时间，长期处于“地下”状态的天主教徒，终于重见天日，天主教在波罗的海三国的迅速壮大，一方面起到了民族运动催化剂的作用，另一方面，也彻底打破了“帝国宗教”东正教对其他宗教势力的支配地位。随后，两大派系围绕教会与教徒归属问题所展开的斗争，日趋激烈，最后官司一直打到了梵蒂冈。乌克兰的天主教会恢复了它在西部乌克兰的机构，武力抢占东正教堂。而且，天主教传教士在俄罗斯境内的传教往往带有新宗教的性质，因此，俄罗斯东正教会和其他东正教地方教会与罗马天主教会之间的对话，由原来的讨论神学理论问题，转为针对解决这些实际问题了。1995年元月，俄罗斯东正教会与罗马天主教会在莫斯科会谈，双方审查了西部乌克兰教会章程，解决有争议的教堂归属问题。不仅如此，双方还对天主教在独联体国家中传教的目的看法有分歧。时过一年，1996年元月，双方再次在罗马进行会谈，但天主教传教性质看法仍不能统一。俄方指责天主教会应该在传统上信仰天主教的群众中传教，而不应该在民族文化不相同的地区，尤其是在东正教堂里传教。1996年12月，双边会谈继续在莫斯科举行，乌克兰东正教会与罗马天主教会矛盾激化。里沃夫市政府支持天主教会，使天主教深入到本不属其领地的中部乌克兰，由此矛盾进一步扩大。1997年，俄罗斯东正教会领袖阿列克西二世与罗马天主教教皇有过一次历史性会晤，这是自1054年基督教分裂成两大派以后的第一次面对面解决问题。

俄罗斯东正教会与本国内的天主教有冲突，与国外天主教会组织的联系则努力维持：在白俄罗斯首都明斯克东正教与德国天主教成功地召开了神学研讨会，题目为“教会的权威”；在意大利、荷兰也举行过类似的研讨会。俄罗斯牧首在出访例如匈牙利、德国时，都与天主教接触，寻求沟通与合作。

对于新教，俄罗斯教会比较看重与法国路德福音教会的联系，1995年8～9月召开了第十次例会，议题是“传教与慈善活动”。至于跟德国的福音教会，则只是刚刚建立对话基础。实际上，俄罗斯东正教会与非斯拉夫人的教会之间的接触存在一定困难，交往受到某些因素，例如妇女担任教职等问题的影响。而在独联体和波罗的海国家内，阻碍其与新教之间交往的最大问题是政治原因或经济纠纷，因此彼此也缺乏联系。

俄罗斯东正教会与国际上基督教组织如世界基督教协进会、欧洲教会会议、教会民族宗教委员会、妇女委员会等组织保持着联系，一般是讨论共同面对的世界性问题、教会关系问题，交流信息，加深彼此的了解。

俄罗斯东正教会与国内其他宗教包括伊斯兰教、犹太教、佛教则保持一般性接触，通常只是宗教间的对话、讨论合作问题，与国家、军队、媒体的关系问题，社会发展问题，道德完善和青年教育等问题。

被喻为“帝国宗教”的俄罗斯东正教会，在其漫长的历史发展过程中，因地域及民族风俗的差别，也逐渐形成了不同的派别，如乌克兰东正教会、格鲁吉亚东正教会、亚美尼亚东正教会等。

以自己古老传统为荣的格鲁吉亚东正教会，在19世纪初俄罗斯占领格鲁吉亚领土之后丧失其独立地位，十月革命后格鲁吉亚教会再度宣布独立，不久斯大林体制确立，其独立地位又被扼杀。戈尔巴乔夫时期的民族独立运动再次推动了这些地区的宗教独立浪潮。其中由于历史的原因，与爱沙尼亚自治教会和乌克兰自治教会的关系比较复杂和棘手。爱沙尼亚自治教会20世纪20年代曾划归君士坦丁堡牧首区管辖，苏联卫国战争以后属俄罗斯东正教会。苏联解体以后，爱沙尼亚独立，其东正教会的归属和登记问题又起争议。为此俄罗斯东正教会多次召开会议，并且跟君士坦丁堡牧首信件往来不断进行协商，登记问题还是没有解决。东正教在乌克兰的发展经历了很多变迁，历史上曾归并波兰和立陶宛，深受西方天主教神学影响。第二次世界大战时期，德军占领下的乌克兰东正教会曾一度宣布独立，战后才被迫并入俄罗斯东正教会。进入20世纪80年代末，随着乌克兰争取独立步伐的加快，被禁止和处于“地下”的乌克兰自主东正教会重新开始活动。现在，乌克兰除了有乌克兰东正教会隶属于俄罗斯东正教会，并与莫斯科牧首区有联系以外，还有两个组织：乌克兰东正教会基辅牧首区和乌克兰自主东正教会，1990年宣布独立于莫斯科牧首区。其基层教区1996年分别是1332个和1209个，规模相当大，信徒散居于西部乌克兰的四个地区，所幸其多数神教职人员与乌克兰东正教会上层保持着互信和正常来往，但被莫斯科牧首区视为不合教规，加以排斥。

在整个基督教大家庭中，东正教与世界基督教协进会的关系并不顺畅。东正教会的15个独立教会中，东正教君士坦丁堡教会和希腊东正教会于1948年加入世界基督教协进会，俄罗斯东正教会和其他地区的东正教会是60年代初加入这个组织的。它们对待普世教会运动的态度非常不一致，表现得比较矛盾，起码俄罗斯东正教会是这样。俄罗斯东正教会之所以参与其活动，基于二元考虑：一方面，想借助同属基督教这一点，融入欧洲世界，因此强调世界基督宗教在信仰文化上的同源；另一方面，为了在欧洲世界保持自己国家的独立地位，而借其东正教与欧洲分庭抗礼，因此在基督教世界中坚持不懈地强调东正教的独特性。它力图二者兼顾，但又怕顾此失彼，故表现出矛盾和彷徨。

这个问题使俄罗斯东正教会和其他地方教会颇费思量。若干年以来，东正教会成员在参加基督宗教这个大家庭的一些辩论会时，经常情绪激动，因为其他教派的有些做法不符合东正教会的传统，比如，不同信仰的代表共同出席会议、妇女担任教职、小派系的权利和自由问题等。东正教会往往从自己的角度出发，对上述情况采取批评态度。但这在其内部也引起不满，不少人倾向于限制那些与会者的独立性表现。此外，因为有些教区和教士与其他基督教教派之间的接触来往比较多，也遭到东正教内例如希腊旧礼仪派不公道的批评。俄罗斯东正教会认为，在与非斯拉夫人来往的同时，也可以使对方了解和向对方证明东正教的特性。

整个东正教的各独立教会在是否应该参与全世界基督教统一运动问题上的看法不一。格鲁吉亚教会和保加利亚教会已经退出世界基督教协进会。耶路撒冷东正教会虽未正式退出，但也多年不派代表参加活动。塞尔维亚东正教会对统一运动的批评亦日益增多。俄罗斯东正教会虽然没有退出世界基督教协进会，但其内部对统一运动问题的争论也是越来越多，越来越激烈。与此同时，君士坦丁堡、安提阿、罗马尼亚、塞浦路斯、希腊、波兰、阿尔巴尼亚、捷克斯洛伐克各教会和美洲东正教会对待统一运动的态度比较积极。整个东正教会对这个问题的看法和做法至关重要，它不仅决定着东正教会怎样对待统一运动，而且关系到全体东正教会以什么方式被国际基督教活动接纳的大事。1998年4月，在希腊的萨洛尼加市召开了全东正教会议，议题是“东正教会与基督教统一运动的关系”。会议的主要任务是消除东正教内部的分歧。大家都意识到，不能因此把东正教会分裂成“两个阵营”。不过，萨洛尼加会议存在两种对立的意见已是在所难免。会议不得不再一次确定：（1）东正教会不能自我孤立，不能排斥向非斯拉夫世界证明东正教的真理；（2）东正教会对世界基督教协进会的现状的不满意之处，将寻求另外的方式或新途径，使世界听到东正教的声音。