内藤湖南观察东洋文化的视点有两个：一是作为中国研究的专家；一是站在日本人的立场。在他的深层意识中，作为中国文化的“重新发现者”或者日渐失去传统的继承者，日本处于优势地位，这与近代日本很多具有代表性的中国观有着同一的构造。

作为言论人的内藤，不但关心着如何从知识上解释中国的过去，而且对于如何向着理想的方向去改变中国的现状也从实践上提出建议，他试图把现状的分析建立在历史的理解上。同时，从“文化”发展这个角度去聚焦，让中国悠久历史中的无数事实之间相互地关联起来，由此呈现出中国史的全体像。政治的“文化”化，是内藤的中国史认识的突出特色。

在内藤所面对的同时代的中国，以“民主”“科学”为口号的“新文化运动”正在如火如荼地开展着。通过改造国民性等“文化”把“支那民众”变成“中国国民”，是当时中国民族主义最重要的课题。文化的“政治”化，是近代中国显著的倾向。采取“排日运动”形式的中国民族主义，对于一贯深情注视中国、倡导“日中文化同一论”的内藤而言，无异于一种“背叛”。内藤基于文化史观承认日本对中国发挥影响力的正当性，不论其真正意图如何，很难否认客观上他扮演了为日本从政治上、军事上侵略中国清除路障的角色。那些政治见解又为内藤的出色学问与识见所佐证，这使得其权威性获得进一步的强化。