当代中国伊斯兰教正面临来自多方面的重大挑战：宗教极端主义的挑战、穆斯林社会传统思想文化中保守内容的挑战、城镇化过程中一系列问题的挑战、清真食品问题的挑战。伊斯兰教工作需要处理与解决的也正是这几大问题。

中国伊斯兰教经学院副院长高占福在《关于当前我国伊斯兰教工作的几点思考》一文中指出，伊斯兰教倡导人类和平的理念一以贯之，有着严格的教义教法依据，千百年来从无更改，并在人类发展的历史长河中得以体现，而极端和恐怖行为违背这些精神和主张，非真正的穆斯林所为。对这一点，我们必须有清醒的认识和严格的区别。

高占福认为，在当前的伊斯兰教工作中，不应消极地去议论伊斯兰教的好与坏，而要通过正确的政策导向和有效的管理与引导，使宗教极端思想对社会的不利因素削弱到最小限度，使伊斯兰教的真精神发扬光大。工作重点应该是“讲政策、抓管理、御渗透、促适应”。国外利用宗教的正能量，孤立、打击和改造那些利用伊斯兰教制造破坏和分裂的敌对分子，使他们无处藏身、无路可走，重新回归社会的做法，也值得我们思考。其核心是用宗教规律、宗教教义教规中的积极因素劝化人心，使其改邪归正，做一名以善为本的真正信仰者，从而提升防止极端分子歪曲宗教、打着宗教的旗号渗透社会的能力，让宗教回归和平的本质。