产业集群作为一种制度安排，在其发展中也会产生一系列“制度失灵”，如“柠檬市场”、外部效应等。而政府作为制度创新主体，在产业集群制度创新过程中发挥着重要的作用。政府可以通过引导制定发展规划和创新产业政策、加强创新基础设施建设、构建产业集群创新系统、营造创新市场环境、完善制度服务体系等来促进产业集群发展。但是，政府在制度变迁过程中也存在“有限理性”，这可能会扭曲整个系统的合理运作和制度创新过程。