东莞为岭南古邑，春秋时为越地，秦时分属南海郡的番禺、博罗县，东汉时属增城，三国吴时属东官郡。东晋咸和六年（331年）立县，初名宝安，仍隶属东官郡。唐至德二年（757年）更名东莞，县治从芜城（今宝安南头）移至到涌（今莞城）。南宋绍兴二十二年（1152年）分东莞的香山立香山县（今中山市）；明万历元年（1573年），将东莞守御千户所编户，分立新安县（今深圳市宝安区），东莞地域随之缩小。民国时期，先后隶广东省粤海道、粤中行政区、中区绥靖公署、第一行政督察区和第四行政督察区。中华人民共和国成立后，初属珠江专员公署，继属粤中行政区，1956年改属惠阳专区。1958年11月曾属广州市，1959年惠阳专区撤销，东莞属佛山专区，1963年恢复惠阳专区，东莞复归惠阳。1985年经国务院批准撤县设市，仍属惠阳地区，并被列为珠江三角洲经济开发区，1988年升格为地级市，由省直接管辖。

明朝，东莞县行政区域城内为坊，附城为厢，乡在野则以乡统都，图则分属坊、厢。另置河泊所以管理水上疍户，沿海疍民分为上下共12社。

清初沿袭明制。雍正八年（1730年），全县设3坊1厢4乡（阜民坊、桂华坊、登瀛坊、迎恩厢、文顺乡、归城乡、恩德乡、延福乡）13都，下统177图、40街巷、356村镇。乾隆时，把各村镇划为五属管辖，五属为两厅三司：捕厅、戎厅、京山司、缺口司、中堂司。宣统元年（1909年）五属管辖街道226条，村镇1255个。

民国初期，县以下划分为若干区，区统乡（镇），乡统村。中期推行地方自治和保甲制。民国23年（1934年）全县有11个区，176个乡，4个乡级镇。1949年解放前夕，全县分为6个区，58个乡镇。

解放初期，东莞置莞城、石龙、太平3个县辖镇，8个行政区及万顷沙特别行政区，下辖78个乡。此后，行政区划及建制作了18次较大的调整、变更。现辖33个镇区，下辖590个管理区。