合作是治理的本质特征之一，合作治理是公共治理的过程视角。本文通过对治理与合作治理的文献进行归纳与演绎，系统阐述合作治理的内涵与关键问题，从问题特征、合作体制与合作机制三个维度建构合作治理的整体分析框架。不同于可线性求解的问题，合作治理产生的前提是跨界、低共识、复杂的棘手公共问题。棘手公共问题有着链式的利益相关主体和环形的治理责任分布，整合政府组织之间的跨界合作、政府与非政府力量的跨界合作是合作治理的两个治理主体识别维度。通过在治理主体间构建平等依赖的伙伴关系，构建一种不同于科层制的新型合作体制。为了促进与维护合作运行，激励、协商、信任和透明机制的构建至关重要。