美国天主教会的历史最早也许可以上溯哥伦布到达美洲大陆的时代，但哥伦布本人只能说是踏上美洲大陆的天主教徒，并非传教士。1565年，西班牙人在佛罗里达建立了在北美的第一个永久定居点圣奥古斯丁。随后不久，来自西班牙的天主教传教士便开始在佛罗里达传教，并于同年建立了北美第一个天主教堂。在西班牙人占领的阿拉巴马和密西西比湾区沿岸以及得克萨斯、新墨西哥、亚利桑那、加利福尼亚等地也都出现了西班牙传教士。来自法国的天主教传教士则在法国人占领的路易斯安那与密西西比河谷地区建立了立足点并把天主教带到了缅因、纽约、大湖地区。在西班牙与法国人占据的地区，许多城镇是用天主教圣徒的名字命名的，如圣安东尼奥、圣彼得斯堡、圣迭戈、圣何塞、圣弗朗西斯科、圣保罗等，反映了当时统治这批城镇的殖民者身上强烈的天主教色彩。

然而，罗马天主教在北美大陆的传播并未因其比新教捷足先登而获得成功。在英国人建立的北美殖民地中，占主导地位的是基督教新教。在英属13个殖民地里，只有在1634年建立的马里兰殖民地，天主教是得到官方认可的宗教。这主要是因为马里兰殖民地的建立者、英王的宠臣、巴尔的摩勋爵乔治·加尔文特本人是位天主教徒。现在人们一般都把1634年作为罗马天主教在北美大陆正式建立教会的开端。当时在政治上占统治地位的新英格兰地区的清教徒，对其他教派的信仰者一律采取高压政策。天主教徒常遭攻袭。在英国深受宗教迫害之苦的清教徒并不想在北美殖民地实行宗教宽容。为了缓和天主教与新教的矛盾，加尔文特于1649年签署了“自由信仰”法案，规定马里兰人民有信仰各种宗教的自由。除清教徒控制马里兰的4年外，这一法令在马里兰一直执行到1688年马里兰成为英国殖民地为止。随着马里兰政权的更迭，1692年，英国殖民当局将英国国教确立为马里兰的官方宗教，天主教遭禁，北美殖民地仍是新教一统天下，罗马天主教徒被剥夺了公民权，受到了严酷的迫害。

除马里兰外，美国独立之前另一个宽容罗马天主教徒的地方是宾夕法尼亚。但北美大部分地区对天主教都实行了打压迫害的政策，天主教徒在当时属于没有社会地位的“二等公民”，处境十分艰难。英国殖民当局不承认反对国教的一切教派，清教徒也不宽容他们。在英国国教圣公会和清教徒教会的联合打压下，到美国独立战争时期，英属北美殖民地的罗马天主教徒人数仅有2.5万人，约占当时人口的1%。1789年美国宪法第一修正案规定保障公民的宗教自由权利，信奉天主教的美国人才逐渐获得了参与公共生活的权利，但在许多州，歧视罗马天主教徒的地方法律一直延续到19世纪。