早期美国的天主教徒大多是来自欧洲的天主教徒移民或这些移民的后裔，由于欧洲宗教改革的结果使大多数新教教徒对罗马教廷和天主教难有好感，在相当长的一段时期里，天主教移民一直面临着如何被美国社会接受，如何在非天主教传统的美国生活下去的问题。在这样一种背景下，为了尽快从被新教教徒敌视、猜疑的气氛中走出来，许多美国天主教徒认识到天主教在美国只有走“美国化”“本土化”的道路，使新建的天主教会带有更多的“美国人”特点，天主教才能在美国生存和发展。但在“美国化”和天主教会的一体性之间如何保持平衡，各地教会当时并无共识。加之美国独立初期，天主教会内部在美国的组织体系尚不健全，一些天主教神职人员自主行动，这一切导致了罗马天主教会在美国发展的过程中发生过多次内部危机。

18世纪80年代，随着新移民的大量到来，美国天主教会内出现了要求像新教教派那样按民族特色组建独立教会的声音。在费城，一些来自德国的日耳曼族天主教徒未经主管传教的主教同意，在美国建立了第一个由单一民族的天主教徒组成的教会，费城圣三一教堂。他们不接受主教指派的神甫，自行选举神甫。这一冲突导致了1796年日耳曼族天主教徒与卡罗尔领导的主教区正式分裂。6年以后，这场冲突以日耳曼族天主教徒的失败宣告结束，费城圣三一堂重新被纳入罗马天主教会的体制内。

19世纪20年代，费城教会又发生了所谓“霍根分裂”。威廉·霍根神甫在天主教平信徒、教会财产托管人的帮助下，控制了费城的主教座堂圣玛利教堂。为夺回教堂，美国罗马天主教会被迫将此事诉诸法律。1822年宾夕法尼亚最高法院宣布霍根不按天主教会法规占有和管理教会财产的做法无效。美国其他地方如纽约、巴尔的摩、布法罗、查尔斯顿及新奥尔良也发生过类似因教会财产的归属引发的纠纷。到19世纪中期，随着罗马天主教会法规在美国各地天主教会内部的广泛实施，以及美国各地民法的不断完善，因美国天主教平信徒管理教会财产引发的危机逐渐平息。

1830～1900年，美国天主教徒人口飞速增长，其中移民人口的迅猛增长是美国天主教人口增加的主要因素。1830～1880年主要从爱尔兰、德国和法国移民美国的天主教徒约有270万；19世纪80年代来自东欧和南欧的意大利、匈牙利、波兰、斯洛伐克等国的天主教徒约有125万。19世纪60年代，罗马天主教会已经成为美国最大的教会之一，大部分成员都生活在都市里。为了使外来移民尽快适应美国的社会和文化环境，一些美国主教再次提出了将天主教堂区民族化的方案。这种按照教徒的民族特性组建教堂的做法，在美国天主教内部引起了强烈的争议，其中最具代表性的是卡恩斯林之争。

彼得·卡恩斯林是美国的一名德裔天主教徒。1890年他和一些天主教徒联名上书教皇利奥十三，请求批准在美国建立由单一民族的天主教徒组成的堂区、该堂区的神甫应由出身该民族的神甫担任、堂区学校要教授该民族的语言、高级神职人员要有民族代表性。这一请求遭到美国天主教内多数主教的反对，他们认为如果堂区完全按民族和语言划分，不仅会导致罗马天主教会有可能像新教那样在美国分裂为众多的小宗派，而且会妨碍来自各国的、讲不同语言的天主教徒融入美国社会的进程。这样做的结果实际上是在美国社会里建立一个个封闭的文化孤岛，强化各移民民族的特点，不利于罗马天主教的“美国化”。卡恩斯林的要求遭到了拒绝，美国天主教避免了因“民族化”而引发的又一次危机，教会也采取了相应的措施，开办一些为移民服务的社会慈善机构，加强了对移民的服务。

在罗马天主教“美国化”的过程中，美国天主教会除了要与各种分裂势力作斗争，维护天主教的统一外，同时还要对付罗马教廷对美国天主教会信仰正统性的怀疑。1884年在巴尔的摩第三次全美主教会议上，由于在开办堂区学校和警惕“共济会”问题上意见分歧，引发了美国天主教内所谓“美国主义”的危机。以明尼苏达圣保罗教区大主教约翰·爱尔兰为首的“美国主义派”认为天主教移民应尽快融入美国社会，在天主教教义允许的情况下，天主教会应尽可能地适应美国社会的特点，天主教会和美国之间没有冲突。而以纽约大主教迈克尔·科里根为首的、代表罗马教廷观点的保守派则认为，爱尔兰等人低估了美国社会对罗马天主教的敌意，坚持“虚妄的自由主义精神”，罗马天主教传统有被抛弃的危险。“美国主义派”对天主教会在美国的未来充满信心，而保守派则对天主教徒在美国的处境与社会地位感到失望，对美国社会残存的歧视天主教徒的做法感到不满，主张各基层教会应努力保护天主教徒，维护天主教的传统。两派的观点尖锐对立，难以调和，美国罗马天主教会面临分裂的危险。最后，罗马教皇利奥十三不得不于1895年和1899年两次发布通谕，强行否定了“美国主义”派，保守派取得胜利。

美国南北战争曾导致基督教新教一些教会的大分裂。在罗马天主教会内，虽然也有支持废奴与蓄奴的两种意见，但无论是教皇还是美国的主教都采取了低调的做法，未发表过有关奴隶制的任何正式文件。南北方的天主教徒都参加了南北战争，20多个女修会的500名修女参与了南北方救助伤员的工作，南北方的主教们均为各自的政府效力。在1863年获得解放的400万奴隶中，有10万人是天主教徒。1866年举行的全美第二次主教会议发布的9个文件都提到了如何对待获得自由的天主教徒的相关的问题。南北战争没有导致美国天主教会的分裂，但也未能消除美国天主教内的种族歧视。美国天主教堂里种族隔离的现象一直延续到20世纪。直到二次世界大战后，圣路易斯枢机主教约瑟·利特、华盛顿大主教帕特立克·奥伯勒及文森特·沃特斯主教为改变教堂里的种族隔离现象先后主动采取行动后，美国天主教会内的种族关系才开始有所改善。