美国政教关系存在着两个方面的主要问题：一是涉及政教分离原则的问题；二是与宗教自由相关的法律问题，如公共场所的宗教表达问题、公立学校中的宗教活动问题、宗教信仰与法律规定和社会公德相冲突问题等。

政教关系问题的解决方式主要是法律手段，因此如何运用已有的法律或设立新的相关法律，就成为在政教关系问题上各方争夺的焦点，而美国社会中的众多背景因素，又直接、间接地影响着国会的立法进程。众所周知，美国有着浓厚的基督教传统，尤其是基督教新教道德文化传统更是被称为“美国的遗产”。任何一位美国总统竞选者都不能无视这个传统，表明个人宗教信仰虔诚已成为总统竞选的重要内容之一；20世纪80年代以来的美国大选中，宗教问题一直占有重要的位置。进入国会的选举也包含着宗教因素，亲宗教立法成为近几届国会议员的共同兴趣。美国各大宗教团体都在华盛顿特区设立办事处，以期影响国会的立法；为社会道德立法也已成为势力日盛的宗教右派运动的主要目标之一。这一切都使政教关系问题的解决变得十分复杂。

近年来，美国政教关系的热点主要体现在公共场所的宗教表达、公立学校中的宗教活动、宗教信仰与法律规定和社会公德相冲突等问题上。此外，关于教会财产免税问题，政府资助教会学校问题，星期日停业法问题，向国旗致敬问题，拒服兵役问题等，也是存在多年的老问题。解决这些问题有时需要使用政教分离与宗教自由两项原则，如果将这两个原则同时运用并推向极致，就可能产生矛盾，成为最高法院的难题。

另一方面，法律不承认宗教的特殊性，而不同宗教的教义又是五花八门的，不承认其特殊性肯定就要侵犯其自由权利，而完全保护所有宗教信仰的自由权利又必然影响到法律的普遍性。最高法院在这方面做出的裁决也表明了这个矛盾。例如，摩门教的一夫多妻制因同联邦法律冲突而被取缔，而门诺派基督徒拒绝让其子女接受法律规定的义务教育与义务教育法相冲突却得到最高法院的认可；印第安人在宗教仪式中使用具有致幻作用的草药因与联邦的禁毒法律相冲突而被禁止，而基督教安息日会教徒拒绝在周六工作却受到法律保护；基督教科学派因信仰问题拒绝让子女接受诸如输血之类的治疗并因此致死也不会受到法律的惩罚。

如果宗教实践同国家法律和政府行为发生冲突，最高法院认为“国家的迫切利益”的测试才是宗教信仰及其实践受到限制的唯一借口，而这一点已足以确保国家的安全和公共利益不受危害。但正像有些宗教人士认为的那样，这个测试原则一方面保护了宗教信仰的独特权利，另一方面也给政府干预宗教自由权利提供了极其高明的依据。如果由于“国家的迫切利益”的需要，政府完全有权干预宗教自由权利的实践，而且这个尺度在实践中的具体把握也很难解决。联邦最高法院在宗教信仰和实践同国家法律和政府行为发生冲突的不同案例中的不同裁决结果在某种程度上说明了这个问题。

美国政教关系所面临的新难题之一是如何对待新兴宗教运动的兴起和发展。美国是世界上新兴宗教运动最发达的国家之一。美国的膜拜团体约有1600～1800个，其中难免有对社会造成极大危害的少数团体（有人称其为“邪教”，但这从来不是美国政府的官方用语）。见诸媒体比较著名的事件有“大卫教派”和“天堂之门”等。近些年来，美国社会的一些保守派势力特别是宗教右派已经意识到这个问题的消极影响，开始游说国会制定法律来限制新兴宗教与膜拜团体的发展，同时积极促进在美国社会恢复基督教主流教派的传统道德价值观，反映宗教右派意愿的一些宗教人权立法提案也不断出现，这些因素给美国法律处理政教关系带来了新的挑战。