根据美国宪法第一修正案，美国公立学校中本来是不存在“宗教教育”问题的，尽管宗教组织有权在社会中传教，但个人可以选择是否接受。对社会公众进行的教育如果带有某种宗教或反宗教的性质，而公众又无法选择的话，这种教育就违反了政教分离的原则，公立学校的宗教教育就是一个典型的例子。

公立学校的宗教教育是指以传授关于宗教知识的宗教指导课。多年来，由于宗教尤其是基督教在美国的历史传统与现实影响，公立学校中的宗教教育问题一直是个争论不休的问题。围绕这个问题，美国社会和宗教团体发生了严重的分裂。主张在公立学校进行宗教教育的人认为，宗教是人类历史与文明的重要方面，公立学校有义务把宗教作为一门知识介绍给学生，使学生不致产生对宗教的偏见。反对在公立学校讲授宗教知识的人则认为，教师在讲授宗教课时有可能误导学生、引导学生参与宗教实践。如果家长与教师在宗教信仰上的立场不一致，这样的分歧很容易导致家长对学校的指责，而在现实生活中，要求所有的家长和所有的教师信仰一致是不现实的，这样就使该问题长期得不到解决。

公立学校宗教教育的另一个极易引起争论的问题是关于公立学校应该教授神创论还是进化论的问题。自从公立学校开始出现，这个问题就存在，争论双方各执一词，各州政府态度不一，最后结果是各州各行其是。

除此之外，在公立学校是否允许学生祈祷，在学生毕业典礼上和学校的体育比赛开始的仪式上是否允许学生以基督教的习惯表达对上帝的感谢问题，也是很难处理而且最易引起纠纷的问题，也正是这个问题把美国的宗教团体一分为二。当美国的国父们通过宪法第一修正案以确保政教分离的时候，他们并没有料想到会有这样的问题。然而200年后的今天，在保守派和自由派之间进行的激烈的文化斗争中，最高法院要裁定如何在公立学校教育中贯彻政教分离原则的问题。对于美国政府来说，政教分离在教育方面的体现就是宗教同公立学校教育相分离。最高法院在1962年裁决，在公立学校祈祷属于违宪。这一裁决遭到了许多教会组织和人士的反对，他们一方面通过游说等途径进行努力，力图推翻这一裁决，另一方面积极组织公立学校的学生在课外进行宗教活动。

与此相应的是公立中小学的宗教教育问题。1995年，在美国南部城市新奥尔良市郊一小学六年级的毕业典礼上，毕业生们接受了两名分别来自卫理公会和浸礼会牧师的祝福，由于该校是公立学校，于是围绕学校祈祷问题在华盛顿引起的争论迅速达到了白热化。一贯支持在公立中小学的开展宗教教育的美国南部一些州，如阿拉巴马、阿肯色、佐治亚、密西西比、田纳西、弗吉尼亚和路易斯安那等不管华盛顿发生了什么，先后通过了允许在公立学校中祈祷的法律。佛罗里达、得克萨斯和北卡罗来纳几个州也在考虑通过类似的法律。这些法案旨在保护公立学校的学生在自发组织的或以学生为中心的活动中表达信仰的权利，而不必征得校方的许可；允许学生在不特别干扰教学的情况下在课间祈祷。

公立学校中究竟可以进行什么样的宗教教育呢？1998年美国教育部发表了一份指导文件，对公立学校允许进行宗教活动的原则和具体程度作了详细的规定。文件说，自从联邦最高法院在1962年的“恩格尔诉维塔案”中裁定在公立学校进行强制性的宗教祈祷违宪后，在公立学校的宗教表达问题上一直存在着争论。该文件旨在帮助校方、老师、学生及学生家长们在这个问题上谋求与宪法所保护的宗教自由原则相一致的共同基础，同时避免公立学校中出现任何政府（校方）资助的宗教活动。文件重申了要求公立学校当局遵守的两个基本原则：一是校方不得仅仅因为宗教方面的原因而禁止学生自发组织的表达宗教观点或信仰的活动。也就是说，公立学校的学生有权在不影响正常教学的情况下，享有表达其宗教信仰或宗教观点的自由，与他们表达其他方面的言论和观点的自由程度是没有任何区别的。二是校方不得强制推行或资助这种宗教活动。这意味着校方和老师不得在课堂里组织或鼓励学生进行宗教活动。至此，围绕公立学校中的宗教教育问题的斗争基本上有了一个结果，宗教在这场斗争中，成功地维持了自己在公立学校中的存在。